多序列比对与Clusta使用以及各类常见序列分析工具介绍.pptVIP

多序列比对与 Clusia1的使用, 以及各类常见的序列分析工具 介绍 中山大学生科院 2004年10月  内容提要 第一部分:多序列比对 意义、方法、算法 Clusia的使用 1. Clustalx 2. Clustalw 第二部分:常见的序列分析软 件分类简介  第一部分: 多序列比对及Cusa的使用  序列相似性比较和序列 同源性分析 序列相似性比较: 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较, 用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有 BLAST、 FASTA等 序列同源性分析: 是将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物 种的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它 序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的 步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程 序包有 CLUSTAL等  多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系, 以便了解一个基因家族的基本特征,寻 找motf,保守区域等。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系 的远近,应用到分子进化分析中。 其他应用,如构建 profile,打分矩阵等。  多序列比对的方法 同源性分析中常常要通过多序列比对来 找出序列之间的相互关系,和b