基因重组分析软件rdp4分析演示.docxVIP

1、 要分析一个重组事件，首先需要一些基础软件的支持，其中最重要的是 mega。 2、 打开一个.meg格式的文件：左击鼠标 open按钮。 3、 点击页面顶端options按钮，进入General页面选择一系列参数： 选择你的序列是环状还 是线性，检测所需要的方法，建议选择默认的选项( RDP GENECONV and MAXCHI你选 择的方式越多，消耗时间越长。如果你分析的是小型数据(小于 50个序列)，你还可以 选择CHIMAERA BOOTSCAN和SISCAN。一般不使用LARD方法，除非在验证重组时间 或检测小于20个序列的数据时。再看右边的选项，在你第一次分析数据时，应该选上 disentangle overlapping events选项，如果分析时卡住了再取消分析，把这个选项删掉就 可以了。其他选项选择默认就可以了 ■ma 1 i i i i , inraw jsi szz■:isn=gsi=iusi_■ gsiznraw asui i i 一 mama r tisisaaM^M ■■■ r ma i mai i i mnnn DSS (TOPAL) | Distance Plots | Recombination Rates (LDHat) Breakpoint distribution plot | Matrices | Trees | SCHEMA Genwal | rdp | OENECONV | Bootsc^n (R^csc^n) | MaxChl | Chimaera ] SlsSc^n | PhylPro | VIsRD | LARD General Recombination Detection Options Sequences are circular Highest acceptable P-Value Bonferroni correction PermutaHon Options Number of permutations Use SEDGEN parametric simulations Analyse Sequences Using: W RDF ■ 厂 Chimaera □ 厂 W BootScan ■厂花eq □ Data Processing Options Im Require phylogenetic evidence V Polish breakpoints ◎I Io 际 Check alignmenl： consistency I Disentangle OYerlapping signals Show overview during scan List all events 4、 一旦所有选项都调试好之后， 左击主界面上的 X-over按钮开始进行重组分析。 如果你认 为耗费的时间超出了你的预期，你可以点击stop按钮，如果你不想分析其中的某个序列， 可以点击Sequence display界面中右侧序列的名字， 左击一下名字变灰， 为mask这个序 列，即对这个序列不进行重组分析，但依然作为参考序列在做树中显示出来；左击两下 名字变白，disable这个序列，即完全除去这个序列。这样的处理可以提高分析重组的能 力，集中精力分析你需要的序列。 5、 分析完毕后出现四个界面，顺时针方向依次为 Sequence display, The recombination information display., Schematic sequence display 以及 Plot displayo 下面分四个部分具 体讲解。 1. The Sequence Display 」Sequence , —Post on indiostor. —Idert ts cl却岛， Seqcen cenamw-1 Identity Indicatort Toggle Identity d splay— GTGC GCQC GTGC GTGCGTGC GTGC CljlCCAA^GTGC,ms j 1 ^■ITGTd FTGTl] TATGTq GTGC GCQC GTGC GTGC GTGC GTGC CljlCCAA^GTGC ,ms j 1 ^■ITGTd FTGTl] TATGTq 器 ^TATGT-d TTATTd TTATG-Td 7TATG 可 i ACCGTTj ?T ATT me 7TATGTGT1C! iTACGTTTICTAC ?TATG? TTATG *r i 1- q* 侦TM AAAGCG AA GTG AAA5TGCCB AA GTGC aaI^tgc AA G：r— AA G：1— !JLAAM !AJULG?:: lAAAG?:, :AAJLG：