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- 2020-11-25 发布于山东
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【实验技巧】 lncRNA 研究策略之: RNA Pull Down 实验技术
lncRNA 研究策略之: RNA Pull Down 实验技术
RNA pull-down
是检测
RNA结合蛋白与其靶
RNA之间相互作用的主要实验手段之一。
RNA
pull-down
使用体外转录法标记生物素
RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成
RNA-蛋白
质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过 Western Blot 实验检测特定的 RNA结合蛋白是否与 RNA相互作用。
1) lncRNA 筛选:
通过 lncRNA 芯片或 RNA测序 等方法对多对疾病模型和对照样本组织进行 lncRNA 表达谱分析;
通过 生物信息 学的方法筛选出具有表达差异的 lncRNA ,构建共表达网络, 预测 lncRNA 的靶基因;
通过 PCR或 Northern Blot 技术对候选 lncRNA 验证,确定其表达差异。
2) lncRNA 确定:
通过 5 RACE 获取
lncRNA 5
全长,
3 RACE
获取
lncRNA3
全长,最终拿到完整的
lncRNA 序列。
表达分析:
细胞水平表达 :在细胞水平进行检测表达差异。
组织分布 :检测不同组织、不同阶段表达特性。
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