BASP1过表达是胃癌预后不良因子 ——一项基因共表达网络分析.pdfVIP

摘 要 背景：胃癌是全球死亡率最高的癌症之一。关于胃癌的 TNM 分期决定其预后 已经早有研究证实。一般来说，I 期胃癌患者相对预后较好，其 5 年生存率可超过 60% 。但是，仍有部分I 期胃癌患者在手术后，快速出现复发转移。I 期胃癌患者T 分期、N 分期较早，并且无远处转移，其预后可能主要受其潜在分子机制的影响。 因此，本研究旨在筛选可能影响I 期胃癌预后的因子，并对其进行机制研究。 加权基因共表达网络分析（Weighted correlation network analysis, WGCNA ）是 一种联合分析临床信息和基因表达数据的方法。癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA ）提供了广泛的不同癌症的临床数据供公众使用。迄今为止， 研究人员已经基于WGCNA 及TCGA 发现了一些不同癌症中的分子机制和特征。 方法：胃癌的数据来自于TCGA 数据库，将其中病理诊断明确、临床资料和生 存信息完整的I 期胃癌患者数据纳入本研究中。通过WGCNA 分析I 期胃癌患者的 临床资料与不同共表达模块之间的相互作用关系；在与临床参数组织学分化（Grade ） 相互作用关系较高的Black 基因模块中，通过cytohub 筛选得到TOP25 Hub 基因； 利用软件 Cytoscape 对black 模块的基因信息进行处理，构建其基因相互关系的网 络图形；通过生存分析，从TOP25 Hub 基因中筛选影响I 期胃癌预后的基因。通过 体外实验，探讨该基因对胃癌增殖和转移的影响。通过GSEA （genomic enrichment analysis ）进行通路富集分析，进一步探讨该基因影响胃癌预后的机制。 结果：TCGA 中共有胃癌数据330 例，其中I 期胃癌数据51 例。通过WGCNA 分析，我们发现Black 基因模块与临床参数组织学分化（Grade ）呈显著正相关（cor=0.51 ， p 0.05 ）。在TOP 25 Hub 基因中，BASP1 基因（脑酸可溶性蛋白1，brain acid soluble protein 1 ）高表达患者的总体生存期（Overall Survival，OS ）明显短于低表达患者（p = 0.01625 ）。体外研究显示，敲除BASP1 后，不能影响胃癌细胞系MGC803 的增殖，但 是其迁移能力显著降低，降低了62.2 ％。通过 GSEA，我们富集到与肿瘤密切相关的 IL6-JAK-STAT3 通路。（NOM p -val = 0.000 ；FDR q-val = 0.000 ） 结论：BASP1 是 I 期胃癌的预后不良因子。其可能通过调节 IL6-JAK-STAT3 通路，促进胃癌细胞的迁移，进而导致胃癌的不良预后。然而，其具体机制有待进 一步研究证实。 关键词：胃癌，BASP 1，WGCNA ，转移 I 英文缩略语 英文缩写 英文全称 中文全称 CA19-9 Carbohydrate antigen 19-9 糖类抗原19-9 Cor Correlation 相关性 GO Gene Ontology 基因本体分析 HER2 Human epidermal growth factor 人类表皮生长因子受体2 receptor-2 KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and 京都基因与基因组百科 Genomes 全书 K-M Kaplan-Meier 卡普兰-梅耶 MAD Median absol