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基因组学在系统分类中的应⽤
⾠⼭科研中⼼
沈慧
2017.06.07
教育就是当一个人把
学校所学全部忘光之
后剩下的东西
近20年来，分子系统学深刻的改变了人们
对植物系统演化的认识 Soltis et al, 2009
1993年 ，Mark Chase等42位作者利⽤叶绿体基因
RbcL⽚段 ，构建了被⼦植物的分⼦系统发育树
标志着植物分⼦系统发育学的兴起 。
Zeng et al., 2014
Transcriptome ，59 low copy nuclear genes
植物分类学的发展路径
经典分类学 数量分类学 分子系统分类学
• 外部形态 • 性状 • ATCG
• 主观描述 • 量化 • 系统发生
分子系统学：利用分子序列（核酸、蛋白）推断生命有机体间的演化关系
Outline
• 基础概念
• 如何获取分子序列
• 如何构建系统发育树
1962 诺贝尔生理学或医学奖
中⼼法则
转录 翻译
基因的结构、表达调控
一个植物细胞有几个基因组？
系统发育树的基本概念
• 冠群
• 干群
• 共同祖先
• 单系
• 并系
获得分子系统树的步骤
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叶绿体基因 ：
rbcL ：编码光合酶Rubisco的⼤亚基
atpB ：编码ATP合成酶β亚基
线粒体基因 ：
atp 1/atpA ：ATP合成酶亚基
核基因 ：
ITS ：核糖体RNA基因间隔区
低拷⻉基因
基因间区:
SSR
SNP
如何选择基因
• 基因的进化速率（近缘物种、远缘物种）
• 物种间基因的亲缘关系（直系同源基因）
• 杂交事件（质体基因、核基因）
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, ,
RNA
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