细菌MLST聚类分析方法.pdfVIP

MLST聚类分析操作步骤 周海健 中国CDC传染病所 1 前言 • MLST是对细菌基因组的7个管家基因进行测序、比对，获得各个管家 基因的序列编号，最后根据7个基因的序列编号组成的编号阵列获得每 株菌的MLST型别、构建聚类树。（本方案以7个管家基因为例，但是 也有菌种的MLST分型方案不是7个管家基因的。分析方法相同。） • 本方案描述了获得各个管家基因的序列编号和MLST型别后应用eBURST 、 BioNumerics 两款软件进行聚类树和最小生成树的构建方法。只简单叙 述操作过程，不赘述不常用功能、统计学方法和聚类原理。 2 提纲 一．数据整理（同时适用于eBURST 和BioNumerics） 二．eBURST 分析 三．BioNumerics分析