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20XX届生物信息学 APOBEC3B的相关生物信息学分析 班级： 1 班 姓名： XXX 学号： XXXX 专 业 ： 临床检验诊断学 联系方式 : XXXXXX@ 2014年 12月 30日 APOBEC3B  基因是胞苷脱氨酶基因家族中的一个，  编码在结构和功能上与  RNA  编 辑 C  变为  U  相关的胞嘧啶脱氨酶（  APOBEC1  ）。它编码的蛋白质可能是  RNA  编辑酶， 也可能会在细胞生长或者细胞周期调控中发挥一定的作用。  为了分析  APOBEC3B  基因的 生物学信息，通过 NCBI 查询 APOBEC3B 基因 mRNA 序列和氨基酸序列，使用各大 数据库对  APOBEC3B  基因的启动子、 蛋白质结构域进行预测并构建蛋白质同源  3D 结构。 关键词：  APOBEC3B  ；启动子；转录因子结合位点；蛋白质同源  3D 结构 一．查找  APOBEC3B  基因的  mRNA  序列和氨基酸序列 1. 进入 / , 选择 “ Gene ”, 输入 APOBEC3B 2. 在搜索结果中选择第一条题目进入，从下图中的 Summary 可以确定目的基因 3. 同一个界面中点击 ，进入如下界面 : 4. 从上面的页面中我们可以看到基因 APOBEC3B 基因转录了两条 mRNA 链，与之 相应的是两条氨基酸链，分别对应的文章题目如下： 5. 从相对应的文章中我们可以得到基因 APOBEC3B 的氨基酸序列和 mRNA 序列： ●transcript variant 1, mRNA 的氨基酸序列为： MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWD TGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCV AKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEF AYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNN DPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNEAKNLLCGFYGRHA ELRFLDLVPSLQLDPAQIYRVTWFISWSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRL RIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGAQVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPF QPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQGN ●transcript variant 1, mRNA 的 mRNA 序列为： ● transcript variant 2, mRNA 氨基酸序列为： MNPQIRNPMERMYRDTFYDNFENEPILYGRSYTWLCYEVKIKRGRSNLLWD TGVFRGQVYFKPQYHAEMCFLSWFCGNQLPAYKCFQITWFVSWTPCPDCV AKLAEFLSEHPNVTLTISAARLYYYWERDYRRALCRLSQAGARVKIMDYEEF AYCWENFVYNEGQQFMPWYKFDENYAFLHRTLKEILRYLMDPDTFTFNFNN DPLVLRRRQTYLCYEVERLDNGTWVLMDQHMGFLCNELDPAQIYRVTWFIS WSPCFSWGCAGEVRAFLQENTHVRLRIFAARIYDYDPLYKEALQMLRDAGA QVSIMTYDEFEYCWDTFVYRQGCPFQPWDGLEEHSQALSGRLRAILQNQG N ● transcript variant 2, mRNA 的 mRNA 序列为： 二．分析 APOBEC3B 基因的启动子区域。 1. 在刚才确定目的基因的页面中点击 ，得到 APOBEC3B 基因的 DNA 序列： 进入 /molbio/proscan /，输入 APOBEC3B 基因的 DNA 序列： 得到 APOBEC3B 基因的启动子区域如下： 4. 返回确定目的基因的页面中点击 ，调整显示碱基序列数目区域为38982649 ，得到 APOBEC3B 基因的启动子序列为： 三．分析 APOBEC3B 基因转录因子结合位点。 1. 进入 / ，点击 Homo sapiens , 右边的方框里输入启动子序列  :  ，在左边选择 APOBEC3B 基因的转录因子结合位点搜索结果如下： 四．分析 APOBEC3B 基因的蛋白质结构域。 1. 进入 / ，将 transcript variant 1, mRNA 的氨基酸序列输入 下列框： 4. 从下