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（生物科技行业）生物信息 学 生物信息学是上世纪 90 年代初人类基因组计划(HGP)依赖，随着基因组学、蛋白组学等新 学科的建立，逐渐发展起来的生物学、数学和计算机信息科学的壹门交叉应用学科。目前生 物信息学的研究领域主要包括基于生物序列数据的整理和注释、生物信息挖掘工具开发及利 用这些工具揭示生物学基础理论知识等领域。生物信息学作为新型交叉应用学科，能够依托 本校已有的计算机科学、信息学、生物学和数学等学科优势，充分展现投入少、见效快、起 点高的特色，推动学校学科建设和本科教学水平。 本实验指导书中的 8 个实验均设计为综合性开发实验，面向 生物信息学院全体本科学生和研究生，以及全校对生物信息学感 兴趣的其他专业学生开放。生物信息学实验室将提供系统的保障， 包括采用mail 服务器和 linux 帐号管理等进行实验过程管理和 支持。限选《生物信息学及实验》的生物技术专业本科生至少选 择其中 5 个实验，且不少于 8 个学时，即为课程要求的 0.5 个学 分。其他选修者按照课时和学校相关规定计算创新学分 。 实验壹熟悉生物信息学网站及其数据的生物 学意义 实验目的： 培养学生利用互联网资源获取生物信息学研究前沿和相关数据的能力，熟 悉生物信息学相关的壹些重要国内外网站，及其核酸序列、蛋白质序列及代谢途 径等功能相关数据库，学会下载生物相关的信息数据，了解不同的数据文件格式 和其中重要的生物学意义。 实验原理： 利用互联网资源检索相关的国内外生物信息学相关网站，如：NCBI 、 SANGER 、TIGR 、KEGG 、SWISSPORT 、Ensemble 、中科院北京基因组研究所、北大 生物信息学中心等，下载其中相关的数据，如 fasta 、genbank 格式的核算和蛋 白质序列、pathway 等数据，理解其重要的生物学意义。 实验内容： 1. 浏览和搜索至少 10 个国外和至少 5 个国内生物信息学相关网站，且描 述网站特征； 2. 下载各网站的代表性数据各 10 条（组）之上，且说明其生物学意义； 3. 讨论各网站适合做何种生物信息学研究的平台，且设计壹个研究设想。 实验报告： 1. 各网站网址及特征描述； 2. 代表性数据的下载和生物学意义的描述； 3. 讨论：这些生物信息学相关网站的信息资源，能够被那些生物信息学研 究所利用。 参考书目： 《生物信息学概论》罗静初等译，北京大学出版社，2002 ； 《生物信息学手册》郝柏林等著，上海科技出版社，2004 ； 《生物信息学实验指导》胡松年等著，浙江大学出版社，2003 。 实验二利用BLAST 进行序列比对 实验目的： 了解BLAST 及其子程序的原理和基本参数，熟练地应用网络平台和 Linux 计算平台进行本地 BLAST 序列比对，熟悉 BLAST 结果的格式和内容且能描述其主 要意义，同时比较网上平台和本地平台的优缺点。 实验原理： 利用实验壹下载的核算和蛋白质序列，提交到 NCBI 或者其他拥有 BLAST 运 算平台的网页上，观察其基本参数设定库文件类型，且得到计算结果；同时在本 地服务器上学会用 formatdb 格式化库文件，且输入 BLAST 命令进行计算，获得 结果文件。 实验内容： 1. 向网上BLAST 服务器提交序列，得到匹配结果； 2. 本地使用 BLAST ，格式化库文件，输入命令行得到匹配结果； 3. 对结果文件进行简要描述，阐述生物学意义。 实验报告： 1. 阐述BLAST 原理和比对步骤； 2. 不同类型BLAST 的结果及其说明； 3. 讨论：不同平台运行 BLAST 的需求比较。 参考书目： 《生物信息学概论》罗静初等译，北京大学出版社，2002 ； 《生物信息学实验指导》胡松年等著，浙江大学出版社，2003 ； http:/// ）程序有多种版本，有unix,windows,Mac 等 实验内容： 1. 下载且安装 Rasmol2.7 ； 2. 在 PDB 网站下载感兴趣的蛋白质结构文件； 3. 在 Windows 用Rasmol 打开这个文件； 4. 按照要求，找出感兴趣的区域如保守区等，用特殊颜色标出。 实