二代测序在肿瘤诊断中的应用.pptx

高通量测序技术在肿瘤诊断中的应用报告提纲一、高通量测序技术临床应用基础二、高通量测序与肿瘤个体化诊治三、思考与挑战一、高通量测序肿瘤临床应用基础肿瘤的高发病率和死亡率前十大肿瘤发病占肿瘤整体发病比例 76.39%前十大肿瘤死亡占肿瘤整体发病比例 84.27%This is a map for 22 cancer registries (data from 2000 to 2011)发病率*每年新发4,292,000人死亡率**每年死亡2,814,000人肺癌，46人肝癌，26人胃癌，26人食管癌，17人结直肠癌，14人胰腺癌，7人乳腺癌，5人白血病，4人脑癌，4人淋巴癌，4人肺癌，54人胃癌，36人结直肠癌，29人肝癌，29人食管癌，22人乳腺癌，21人胰腺癌，7人淋巴癌，7人膀胱癌，7人甲状腺癌，7人This is a map for 72 cancer registries (data from 2009 to 2011)*每10万人发病人数； **每10万人死亡人数Chen W, Zheng R, Baade PD, et al.. CA Cancer J Clin, 2016高通量测序的应用领域全基因组测序外显子组测序应用转录组测序小RNA测序表观基因组分析高通量测序的实际检测灵敏度取决于最终测序深度肿瘤在个体和群体内的异质性不同个体间的异质性不同部位肿瘤细胞的异质性同一肿瘤不同细胞的异质性发生的区域的异质性（空间）原发和次生的异质性（时间）不同突变位点的异质性（基因）Edward J. Fox and Lawrence A. Loeb. Nature. 2014,512(7513): 143–144肿瘤治疗理念的转变 同癌异治（Umbrella Trial） 异癌同治（Basket Trial）含有不同基因靶点的同一肿瘤采用不同的治疗带有相同基因靶点的不同肿瘤给予相同治疗例如：研究显示，维罗非尼（Vemurafenib）对BRAF V600突变的黑色素瘤和非黑色素瘤均取得良好疗效例如：NCCN指南显示，对于乳腺癌，HR+建议服用依维莫司（Everolimus）；HR-建议服用托瑞米芬（Toremifene）美国癌症研究学会（American Association for Cancer Research，AACR）Meeting, 2014Zardavas D, Piccart-Gebhart M. ASCO.American Society of Clinical Oncology.2015:e183-90Hyman DM, Solit DB, Arcila ME,.Drug Discov Today.2015.pii:S1359-6446 (15) 00321-9 癌症基因组图谱项目（TCGA）//癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）计划是由美国国家癌症研究所和美国国家人类基因组研究所于2006年启动的大型研究。TCGA计划试图采用大规模基因组测序，绘制肿瘤基因组变异图谱，并进行系统分析，找到所有致癌和抑癌基因的微小变异。TCGA是HGP完成后更大型的高通量测序应用。TCGA包含了来自16个国家150多位研究人员的科学贡献，表征了来自超过25种不同癌症的100,00份肿瘤。数据包括1000万个突变，TCGA数据已被用来寻找新的突变，定义固有的肿瘤类型，确定泛癌症的异同，揭示耐药机制和收集肿瘤进化的证据。ICGC与国际肿瘤基因组计划/国际肿瘤基因组协作联盟(ICGC)于2007年成立并启动了全球范围肿瘤基因组研究工作。ICGC提出对50种癌症、总计25000例患者样本绘制体细胞基因突变谱。 当前跨癌种的泛癌症基因组研究成为ICGC工作重点。我国科学家是ICGC创始成员之一，并组建了“中国肿瘤基因组研究协作组”(CCGC)，启动了中国肿瘤基因组研究重大项目。初期，中国负责破译胃癌的基因组序列，后又陆续对结直肠癌、食道癌、肝癌、鼻咽癌等14种肿瘤的驱动基因进行检测，为实现个体化医疗奠定基础。IGGC项目是TGCA完成后更大型的高通量测序应用。CCGC和ICGC研究工作将积极推动癌症基因组学向肿瘤生物学的转化研究，为肿瘤的个体化精准诊疗提供理论和技术支撑。Ledford H. Nature. 2010;464(7291):972-4 ICGC 数据汇总胡学达, 杨焕明, 赫捷, 吕有勇. 科学通报.2015,60(9):792-804测序成本不断下降成本快速下降，测序领域的超摩尔定律助推临床应用摩尔定律戈登.摩尔（1965年, Intel）当价格不变时，集成电路上可容纳的晶体管数目，约每隔18个月增加1倍，性能也提升1倍。即每一美元所能买到的电脑性能将每隔18