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*;化学信息学;2D：;（一）以一维形式表示 对2D结构进行编码——储存和交换化学结构式数据 的命名法;SMILES 按化合价模型，每个原子被氢原子饱和；双键用= 表示；三键用#表示；环化分子用闭合原子序号表 示；芳香环中不饱和原子用小写字母表示;? 分子中分支用（）表示；用 / 和 \ 表示双键顺反异 构； 对映异构：手性原子用[ ]表示， @表示反时 针，@@表示顺时针;? 用图表示;? 用连接表表示;（三）以三维形式表示 1、直接坐标法 用卡迪尔坐标直接存储每个原子的三维坐 标（x, y, z）;每个原子位置以与其他原子间的3个相对 位置关系表示——距离、夹角、二面角;（四）分子存储格式及其相互转换 每一软件系统都有自己的分子存储格式 MDL公司的MOL格式（MACSS格式） Tripos公司的MOL2格式 剑桥晶体数据库CSD的FDAT和CIF格式 蛋白质数据库PDB的PDB格式（ENT格式）;基本存储： 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 还能存储： 分子子结构信息，能适用于生物大分子 原子电荷信息，调用时不必再计算 确定特定原子化学环境的原子类型信息;二、化合物数据库的生成和管理 输入 搜寻和检索 管理 输出;合成反应信息管理软件及数据库;合成反应信息管理软件及数据库;ISIS (Integrated Scientific Information Management System) —— MDL的综合性结构和反应管理软件 ? 由三个主要分软件组成： (1) ISIS/DRAW——用于输入结构式和搜寻询问条件 (2) ISIS/BASE——用于生成局部数据库及处理信息 (3) ISIS/HOST——主服务器应用程序，进行通讯连 接，集中数据库数据并作处理;2D结构输入： ——计算机绘制化学结构式 ? 首先输入原子和键的骨架结构，原子数、电荷会自动变 为上下标 ? 软件的模板中收集大量分子片段 ? 可智能分析结构式，处理结构式的编码和变换 ? 还可有附加功能， 如自动命名、化学计 算、光谱分析等;三维结构的转化： 3D结晶结构转入3D数据库 软件将2D化学结构迅速地转为3D模型;三.组合化学信息管理软件及数据库;例：五肽的合成;分子相似性和多样性分析 数据库的化学多样性（chemical diversity） 数量巨大的、结构不同的贮藏和检索系统——适用于 先导化合物发现 数据库的化学相似性（chemical similarity） ——适用于先导化合物优化; 化学多样性的定量表达 —— Tanimoto系数 用化学空间中电荷和电势等描述符比较不同分子的性质 TC = c /(a+b-c) a为A中基础片断的描述符的数目； b为B中基础片断的描述符的数目； c为共有的基础片断的描述符的数目 相同分子TC = 1；分子没有共同描述符时TC = 0;四、化学信息学资源 FCD (Fine Chemicals Directory) —— MDL 维护。 收载约90 000个化合物和20 000种化合物数据，包括 化学系统名、俗称、分子式、分子量、供应商、价格、 CAS登录号、纯度等。可通过结构式或其它任何数据 检索 ACD (Available Chemicals Directory) ——MDL维 护。FCD数据库加上可大批量供货的化学品信息。目 前有25万个化合物 CSD（Cambridge Structure Database) —— 20多 万个结晶的3D结构实验数据及相关数据;生物信息处理;生物信息学的内容 建立可贮存和管理大量生物信息学数据集 的数据库 处理大量数据的算法和统计方法 分析和解释不同类型的生物数据，如RNA、 DNA和蛋白质序列、蛋白质结构、基因表 达以及生化途径; 可视化，数据处理 结构预测(同源模建);氨基酸;氨基酸;(二) 双重序列比较——序列比对sequence alignment 序列对比可以用各种矩阵表达并作相似性打分 两个残基越相似则打分值越高;多重序列比对可以从更多细节上揭示保守模式和结构信息 可采用多种统计算法进行多重序列比对;二、蛋白质三维结构预测; 主要方法 蛋白三维结构预测;1、从头预测法（ab initio prediction） 采用理论计算（分子力学、分子动力学、量子 化学）方法，直接从分子和原子参数计算出蛋 白质分子的稳定构象， 理论上最理想的方法，但计算量极大，对于实 际分子的计算超过能力范围;2、穿针引线法，线串法，线程法，折叠识别 （threading，fol