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原核转录组生物信息分析结题报告
库测序流程
1. Total RNA样品检测
2. 文库构建
3. 库检
4. 上机测序
二、生物信息分析流程
三、项目结果说明
1. 原始序列数据
2. 测序数据质量评估
3. 序列比对分析
4. 基因表达水平分析
5. RNA-seq整体质量评估
6. 基因差异表达分析
7. 差异基因GO富集分析
8. 差异基因KEGG富集分析
9.SNP和InDel分析
10.新转录本预测
11.基因结构分析(Operon/TSS/Promoter)
12.UTR分析(5SD/3Terminator)
13.反义转录本预测
14.sRNA分析(二级结构/靶基因)
四、 文献
五、附录
1. 文件目录列表
2. 软件列表
3. 结题报告PDF版
F:/…/诺禾致源原核转录组生物信息分析结题报告2013年8月.html 1/37
诺禾致源生物信息科技
库测序流程
从RNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信
息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面、可信的前提。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠
性，诺禾致源对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。流程图如下：
F:/…/诺禾致源原核转录组生物信息分析结题报告2013年8月.html 2/37
诺禾致源生物信息科技
1 Total RNA样品检测
诺禾致源对RNA样品的检测主要包括4种方法：
(1) 琼脂糖凝胶电泳分析RNA降解程度以及是否有污染
(2) Nanodrop检测RNA的纯度（OD260/280比值）
(3) Qubit对RNA浓度进行精确定量
(4) Agilent 2100精确检测RNA的完整性
2 文库构建
样品检测合格后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则通过试剂盒去除rRNA来富集mRNA）。随后加入
fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（ran hexamers） 一链cDNA，然后加入缓冲
液、dNTPs（dTTP换为dUTP）和DNA polymerase I 二链cDNA，随后利用AMPure XP beads纯化双链cDNA。纯化的双链cDNA再进行末
端修复、加A尾并连接测序接头，然后用AMPure XP beads进行片段大小选择，最后消化二链后进行PCR富集得到最终的cDNA文库。构建
原理图如下：
3 库检
文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，稀释文库至1ng/ul，随后使用Agilent 2100对文库的insert size进行检测，
insert size符合 后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度 ＞2nM），以保证文库质量。
4 上机测序
库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行HiSeq/M
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