分子生态学期末复习.ppt

分子生态学课程总结;分子生物学基础;DNA和RNA DNA：由A、G、C和T4种不同的脱氧核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成的双链分子，具有双螺旋结构。大部分生物遗传信息的物质载体 RNA：由A、G、C和U 4种核糖核苷酸经磷酸二酯键缩合而成的单链分子，不具双螺旋结构。部分病毒和类病毒的遗传信息载体 碱基互补配对：G≡C，A=T（U） 书写方式： 5’-AGCTTACC -3’ ;RNA的种类 mRNA（信使RNA）：合成蛋白质的直接模板 tRNA（转运RNA）：转运氨基酸 rRNA（核糖体RNA）：与核糖体蛋白质结合在一起形成核糖体??将mRNA翻译成多肽链 真核生物：hnRNA（核不均一RNA）、 snRNA（核小体RNA）、细胞质小RNA （scRNA）、miRNA 、siRNA等 ;基因：含特定遗传信息的核苷酸序列，是遗传物质的最小功能单位 结构基因：编码蛋白质或RNA的DNA片段 非结构基因：参与基因表达调控的DNA或RNA序列 原核生物：DNA序列通过三联密码子连续编码氨基酸。普遍存在着重叠基因的现象。 真核生物：核基因多数为断裂基因，即基因由外显子（编码序列）和内含子（非编码序列）组成，且外显子被内含子所隔离，形成镶嵌排列的断裂方式。 ;遗传密码：又称三联体密码子。指mRNA分子上从5 ’端到3’端方向，由起始密码子开始，每三个核苷酸组成的三联体，每个编码1个氨基酸。 4种碱基共组成64种密码子，其中至少3种是终止密码子 简并性：多种密码子编码同一种氨基酸（大部分的差异是第三个碱基） 普遍性和特殊性：几乎所有的生物都使用相同的遗传密码，但是动物的线粒体和叶绿体DNA的遗传密码存在少量的例外。;基因突变 基因突变类型： 碱基替换（转换：嘌呤 ? 嘌呤 ，嘧啶?嘧啶；颠换：嘌呤 ? 嘧啶 ）、插入、删除、倒置、重复、转座等 基因突变的结果： 同义突变：不改变氨基酸 异义突变：改变氨基酸 无义突变：提前出现终止密码子 移码突变：由于插入或删除的碱基数量不是3的整倍数，造成这位置之后的一系列编码密码子发生移位错误的改变，这种现象称移码突变 ;分子标记;分子鉴定;利用分子标记进行个体识别的原理 少量的多态性位点就可能形成大量的基因型 当位点达到一定数量时，每个个体都具有不同的基因型 利用分子标记进行性别鉴定的原理 检测性别特异性的分子标记 检测性别之间存在长度差异的分子标记;分子进化和系统发生;分子进化速率的恒定性： 生物大分子在相当长的时间内速率进化保持稳定 同源生物大分子在不同生物中进化速率大致相同 在中性突变情况下，进化速率是一个恒定值且等于其突变率;进化速率的保守性： 功能不同的生物大分子具有不同的进化速率 功能上重要的大分子或大分子的局部比较保守，在进化速率上明显低于那些功能上不重要的大分子或大分子局部 ;什么是系统发生树 描述任何生物实体之间系统发生关系假说的树状图,也叫做进化树 无根树：没有方向性的系统树，只反映分类单元之间的距离,而不涉及谁是谁的祖先问题 有根树：具有方向性的系统树，反映了树上物种或者基因进化的时间顺序,包含唯一的节点，即树根作为树中所有物种的最近共同祖先;确定有根树树根最常用的方法：使用外群来确定树根。 外群选择：与内群具有较近的系统发生关系，但是要比内群分类单元相互之间的系统发生关系远。 物种树：表示各个物种进化历史的系统发生树，各个节点代表物种发生分歧的时间或事件 基因树：由来自各个物种的一个基因构建的系统发生树，各个节点代表基因分离的时间 基因树不完全等同于物种树 ;单系群：由一个共同祖先的所有已知的后裔组成的分类群 并系群：由一个共同祖先的部分后裔组成的分类群 多系类群：由多个共同祖先的后裔组成的分类群 由单系群组成的分类单元才是生物学上有意义的、真正的自然类群;构建系统发生树的步骤;直系同源基因：由共同的祖先基因通过物种分化形成的不同物种之间的同源基因。 旁系同源基因：由基因复制而产生的同源基因。 构建物种系统发生树的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程 ;基于距离数据的方法： UPGMA 非加权分组平均法 Fitch-Margoliash法 ME 最小进化方法 NJ 邻接法 基于特征（characters）数据的方法： MP 最大简约法 ML 最大似然法 BI 贝叶斯推断法;种群遗传学;哈迪-温伯格方程式 假设一个位点上存在2种等位基因A和a，频率分别为p和q，则： 等位基因频率总和p + q = 1 基因型频率总和：p2+2pq+q2=1 在一个大群体内，对于单个位点，不论起始基因频率和基因型频率如何，只要经过一代的随机交配，群体就能达到平衡。 ;遗传多样性：指物种内的遗传变异，包括种群间和种群内个体间的遗传变异总和 遗传多样性的产生机制 突变：产生新的基因或等位基