转录组实战讲解之转录本构建和长非编码RNA鉴定.pptxVIP

长非编码RNA测序分析实战讲解之转录本构建和长非编码RNA鉴定概要步骤三：转录本的构建构建流程详解转录本构建效果评估步骤四：长非编码RNA的鉴定鉴定流程详解关键:如何判断编码或是非编码基因附录：运行命令转录组分析的通用套路鉴定定量差异功能有多少RNARNA的表达量结构、表达量、比例的变化功能注释测序数据Genome Browser可视化测序评估及低质量过滤Fusions和参考基因组比对Junctions这一堂课关注内容转录本重构长非编码鉴定编码基因表达注释长非编码表达注释编码基因差异(特异)表达长非编码差异表达GO功能显著性富集Pathway显著性富集GO功能显著性富集Pathway显著性富集功能富集网络图功能富集网络图上期回顾长非编码RNA测序mRNA测序(带polyA RNA)不带PolyA的RNA测序去除rRNA的RNA测序步骤一：测序数据评估fastqc: reads质量，碱基分布步骤二: 回贴基因组Tophat双比对策略一个测序实例取样：晚期肝癌病人的肝组织(共4个)癌旁组织(N)原发灶(P)转移灶(M)门脉血栓转移灶(V)一组时间序列上的4个点的取样步骤三：转录本的构建构建流程详解转录本构建效果评估步骤四：长非编码RNA的鉴定鉴定流程详解关键:如何判断编码或是非编码基因附录：运行命令转录组构建的通用套路构建质量评估单样本构建合并转录本一套实验的测序得到的整个转录组步骤