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Effects of Different Normalization
Methods on Gene Set Enrichment
Analysis (GSEA)
Ming Zhao
Tutor: Dr. Mengjin ZhuTutor: Dr. Mengjin Zhu
12th, Nov, 2011
Key Laboratory of Agricultural Animal
Genetics, Breeding and Reproduction of
Ministry of Education HZAU
Outline
• Introduction
– Normalizations under R/Bioconductor environment
– Comparison of differentially expressed genes and gene
set tests
–– An introduction to Gene Set Enrichment Analysis(GSEAn introduction to Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)A)
– Normalizations and GSEA
• Results
• Detection rate of different normalization methods
• Correlations among different studies base on DEGs
• Discussion
Introduction
Normalizations under R/Bioconductor environment
• Most Extensive and Flexible Environment
– Oligonucleotide cDNA Arrays
–– Multiple methods for Multiple methods for
• Background correction
• Probe-specific correction
• Normalization over multiple chips
• Open Source
• Best Platform for Development
• FREE!
Normalize Method Options
• Background
– Basics of Affymetrics Chip Design
• Need to correct for Background Noise
• Need for Normalization
•• normalize methods normalize methods
– constant
– contrasts
– invariantset
– loess
– qspline
– quantiles
– quantiles.robust
Comparison of Differentially Expressed Genes
and Gene-set Tests
• In order to allow direct array-to-array comparisons,
normalization is a prerequisite
•• Comparison of differently expressed ge
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