生物信息学软件及使用概述.pptx

生物信息学软件及使用概述;生物信息学的概念：;生物信息学软件主要功能;功能1. 分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间;Antheprot 5.0 Dot Plot 点阵图;Peptool Lite--- Dot Plot 点阵图;DNASIS 2.5 RNA 二级结构预测;DNASIS 2.5 tRNA 二级结构预测;RNAStructure 3.5 RNA 二结构预测;Omiga 2.0 ORF Map;DNAStar 之 Protean 对氨基酸的亲疏水性分析：helical wheel 图;功能2. 提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验;Winplas 2.6 质粒构建;Atheprot 5.0 预测蛋白跨膜区域;Antheprot 5.0 预测信号肽断裂点;功能3. 用计算机管理实验室数据及文献资料;Reference Manager 9 界面;功能4. 用计算机预测新基因及其结构和功能;DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测A. (Codon Bias);DNASIS2.5 对蛋白编码区的预测B. (Rare Codon);DNASIS 2.5 对蛋白编码区的预测C. (ORF List);DNASTAR 之 GeneQuest 预测CDS;功能5.蛋白质高级结构预测;DNASIS 2.5 蛋白二级结构预测;目前应用的蛋白质结构预测的算法;Cn3D 2.5 显示 1EQF A链三维结构;RasMol 2.7 显示1EQF A链三维结构;二.常见的部分生物学软件功能介绍;PCR 引物设计;如： 引物长度（primer length）， 产物长度（product length）， 序列Tm值 (melting temperature)， ΔG值(internal stability)， 引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin）， 错误引发位点（false priming site）， 引物及产物GC含量（composition），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。;引物设计要点;引物设计要点;引物设计要点;关于引物的自动搜索和评价分析;OLIGO 5.0 PCR 引物设计;DNA、蛋白质序列同源分析及进化树构建;相似性与同源性;推荐软件;Vector NTI Suit 同源比较—主窗口;Vector NTI Suit 同源比较—进化树;DNA 模拟电泳;Vector NTI Suit 5.5 模拟电泳;Gene Construction Kit 2.0 模拟电泳;重要的生物数据库;其他重要数据库;网上数据库的运用;ENTREZ 集成检索示意图;四. 生物信息学主要服务内容;有关蛋白质亲疏水性，等电点，抗原性，跨膜蛋白，信号肽等分析以及Dot Plot服务 质粒载体构建及克隆策略 小型数据库建设及协助实验室进行数据管理维护 ;医学相关的图像、病例统计、分析及小型数据库建设 网上数据库应用辅助：包括序列拉长（扩大实验成果），Blastn/Blastp，NCBI Entrez查询(多维查询)，新序列、snip等申报 蛋白质三维结构初步预测（此为生物信息学目前研发的焦点，正在探索中，结果可能不十分准确或者不能出结果） ;结束;9、要学生做的事，教职员躬亲共做；要学生学的知识，教职员躬亲共学；要学生守的规则，教职员躬亲共守。4月-214月-21Wednesday, April 7, 2021 10、阅读一切好书如同和过去最杰出的人谈话。01:02:0501:02:0501:024/7/2021 1:02:05 AM 11、一个好的教师，是一个懂得心理学和教育学的人。4月-2101:02:0501:02Apr-2107-Apr-21 12、要记住，你不仅是教课的教师，也是学生的教育者，生活的导师和道德的引路人。01:02:0501:02:0501:02Wednesday, April 7, 2021 13、He who seize the right moment, is the right man.谁把握机遇，谁就心想事成。4月-214月-2101:02:0501:02:05April 7, 2021 14、谁要是自己还没有发展培养和教育好，他就不能发展培养和教育别人。07 四月 20211:02:05 上午01:02:054月-21 15、一年之计，莫如树谷；十年之计，莫如树木；终身之计，莫如树人。四月 211:02 上午4月-2101:02April 7, 2021 16、提出一个问题往往比解决一个更重要。因为解决问题也许仅是一个数学上或实验上的技能而已，而提出新的问题，却需要有创造性的