2蛋白质4生物化学复习资料.pptx

2 蛋白质化学上节回顾一级结构(ρ41） : 氨基酸序列和二硫键的位置二级结构(ρ57）：主链规律的空间排列 (α-螺旋, β-折叠)超二级结构结构域（domain）三级结构(ρ70）：所有原子空间位置四级结构(ρ83）：多肽链间的相互关系维持蛋白质空间结构稳定的因素2.1 氨基酸2.2 肽2.3 蛋白质的分子结构2.4 蛋白质结构和功能的关系2.5 蛋白质的重要性质2.6 蛋白质的分类2.7 蛋白质的分离与鉴定2.4 蛋白质结构与 功能的关系一、一级结构与功能的关系(ρ49)1、一级结构的种属差异与分子进化2、一级结构的变异与分子病二、空间结构与功能的关系1、核糖核酸酶2、肌红蛋白和血红蛋白的结构与功能3、疯牛病1、一级结构的种属差异与分子进化 同源蛋白质(homologous proteins)：来自不同种类生物、而序列和功能类似的蛋白质。 细胞色素c是一种进化上高度保守的蛋白质，在植物、动物和许多单细胞生物中存在。不变残基：对于同源蛋白的功能是必需的可变残基：变换不影响蛋白质的功能马 进化距离越远，同源蛋白质的残基差异数越多。 黑猩猩羊响尾蛇鲤鱼蜗牛蛾酵母花椰菜欧洲防风 根据细胞色素C的顺序种属差异建立起来的进化树序列比较提供蛋白质结构与功能的信息BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)程序：程序数据库查询内容Blastp蛋白质蛋白质使用取代矩阵寻找较远的关系：可以进行SEG过滤。Blastn核苷酸核苷酸寻找较高分值的匹配，对较远关系不太适用。Blastx核苷酸(翻译)蛋白质对于新的DNA序列和ESTs的分析极为有用。Tblastn蛋白质核苷酸(翻译)对于寻找数据库中没有标注的编码区极为有用。tblastx核苷酸(翻译)核苷酸(翻译)对于分析EST极为有用。 blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；　blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；　blastx:先将待查询的核酸序列按6种可读框架(逐个向前3个碱基和逐个向后3个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；　tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按6种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；　tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按6种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将2种翻译结果从蛋白质水平进行查询。使用BLAST的蛋白序列数据库：数据库描述Nr融合了Swiss-Prot,PIR,PRF以及从GenBank序列编码区中得到的蛋白质和PDB中拥有原子坐标的蛋白质，绝非多余。MonthNr的字集，每月（30天）更新，搜集了过去30天中的最新序列。SwissprotSwiss-Prot数据库。Pdb拥有三维空间结构的原子坐标的氨基酸序列库。Yeast由酵母基因组中基因编码的全套蛋白质。ecoli有大肠杆菌基因组中基因编码的全套蛋白质。一、一级结构与功能的关系(ρ49)1、一级结构的种属差异与分子进化2、一级结构的变异与分子病二、空间结构与功能的关系1、核糖核酸酶2、肌红蛋白和血红蛋白的结构与功能3、疯牛病2、一级结构的变异与分子病 分子病：由于基因突变导致蛋白质一级结构发生变异，使蛋白质的生物学功能减退或丧失，甚至造成生理功能的变化而引起的疾病。镰刀状细胞贫血病（常染色体隐性遗传病） 形状异常的红细胞会阻塞小血管而伤及多种器官。 ??By Linus Pauling in 1949. (Normal)(defective)NormalTraitPatient指纹图谱By Dr. V. M. Ingram，1956HbSHbA胰蛋白酶-?+-?+HbA: His-Val-Leu-Leu-Thr-Pro-Glu-Glu-LysHbS: His-Val-Leu-Leu-Thr-Pro-Val-Glu-Lys水平向为电泳垂直向为层析双向滤纸层析－电泳 患者的血红蛋白（表示为Hb-S）与正常人的血红蛋白（表示为Hb-A）的?亚基有一个氨基酸残基不同。一、一级结构与功能的关系(ρ49)1、一级结构的种属差异与分子进化2、一级结构的变异与分子病二、空间结构与功能的关系1、核糖核酸酶2、肌红蛋白和血红蛋白的结构与功能3、疯牛病1、核糖核酸酶 天然状态，有催化活性非折叠状态，无活性尿素β-巯基乙醇一、一级结构与功能的关系(ρ49)1、一级结构的种属差异与分子进化2、一级结构的变异与分子病二、空间结构与功能的关系1、核糖核酸酶2、肌红蛋白和血红蛋白的结构与功能3、疯牛病 2、肌红蛋白（Myoglobin）和血红蛋白（Hemogl