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2021/8/23 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 * 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 精品PPT 可修改 2021/8/23 最新 PPT 选择需要的分析程序 结果返回形式 序列提交框 InterProScan InterProScan- http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 2021/8/23 最新 PPT Picture View 其他数据库中的AC号 保守区示意图 ID名 2021/8/23 最新 PPT InterPro蛋白家族信息 AC号，家族名称 家族蛋白 其他数据库中的收录情况 相关的其他家族 条目类型 2021/8/23 最新 PPT InterPro蛋白家族信息 生物体内的信息 说明 结构链接 数据库链接 2021/8/23 最新 PPT InterPro蛋白家族信息 该家族蛋白在不同种类生物体中出现情况 其他家族与该家族的重叠情况 2021/8/23 最新 PPT 练习四：InterProScan http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/ 数据：C:\ZCNI\shixi4\protein.txt 2021/8/23 最新 PPT 五、蛋白质三维结构预测 方法 特点 工具 同源建模法 ( Homology/Comparative modelling ) 基于序列同源比对，对于序列相似度30％的序列模拟比较有效，最常用的方法 SWISS-MODEL， CPHmodels 串线法/折叠识别法 (Threading/Fold recognition) “穿”入已知的各种蛋白质折叠骨架内，适于对蛋白质核心结构进行预测，计算量大 THREADER，3D-PSSM 从头预测法 ( Ab initio/De novo methods ) 基于分子动力学，寻找能量最低的构象，计算量大，只能做小分子预测 HMMSTR/ ROSSETA 2021/8/23 最新 PPT 蛋白质结构预测精度 2021/8/23 最新 PPT 同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟和，构建新的模型 2021/8/23 最新 PPT 2021/8/23 最新 PPT 常用数据库 数据库 网站 备注 PDB /pdb/home/home.do 主要的蛋白质三维结构数据库 MMDB /Structure/MMDB/mmdb.shtml NCBI维护的蛋白质结构数据库 Psdb /~deerfiel/PSdb/ 从PDB和NRL-3D数据库中衍生出的数据库，含二级结构和三维结构信息 3DinSight http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dins