诺唯赞引物设计使用说明.pdfVIP

软件名称：CE Design 软件版本号：V1.04 释放时间：2016-07-20 系统要求：Windows XP及以上 运行环境：VB 6.0 运行库 使用方式：软件为纯绿色版本，将压缩包内所有文件解压至同一个文件夹下，即可使用 更新内容：修复若干Bug，并增加引物序列导出功能，该功能需要预装Excel 或WPS 支持。 软件功能描述： CE Design 是针对南京诺唯赞 （Vazyme）同源重组系列产品定向开发的专用引物设计软件，适用于使用 ® ® ClonExpress /Mut Express 全系产品时进行引物设计。软件包含入门克隆引物设计、单片段克隆引物设计、 多片段克隆引物设计、单点突变引物设计、双/多点突变引物设计、重组反应DNA 使用量计算、DNA 序列 处理、引物Tm值计算共计八个功能模块。设计人性化、使用便捷，是进行重组克隆实验必备辅助软件。 软件提供以下8 种功能模块： 1. 入门克隆 （ClonExpress Entry）引物设计 -依据Tm值原则，自动计算插入片段特异性扩增引物序列 -自动在特异性扩增引物5端添加URS 和DRS 重组序列 -如选择插入酶切位点，自动在URS/DRS 和特异性扩增序列之间添加酶切位点 -自动输出插入片段全长引物序列 -引物Tm值可直接用于PCR反应中作为退火温度 2. 单片段克隆 （ClonExpress II）引物设计 -根据载体线性化方式自动计算载体末端重组序列 -依据Tm值原则，自动计算插入片段特异性扩增引物序列 -自动在特异性扩增引物5端添加载体末端重组序列 -自动输出插入片段全长引物序列 -如载体线性化方式为PCR扩增线性化，自动输出载体扩增引物序列 -引物Tm值可直接用于PCR反应中作为退火温度 3. 多片段克隆 （ClonExpress MultiS）引物设计 -根据载体线性化方式自动计算载体末端重组序列 -根据Tm值、同源序列GC 含量原则，自动计算插入片段特异性扩增引物序列和片段之间的重组序列 -自动在特异性扩增引物5端添加载体末端重组序列和片段之间的重组序列 -自动输出各个插入片段全长引物序列及载体扩增引物序列 -如载体线性化方式为PCR扩增线性化，自动输出载体扩增引物序列 -引物Tm值可直接用于PCR反应中作为退火温度 4. 单点突变 （MutExpress II）引物设计 -根据Tm值、互补区GC含量、单点突变引物设计原则，自动计算载体扩增引物序列 -自动输出载体扩增全长引物序列 -引物Tm值可直接用于PCR反应中作为退火温度 5. 双/多点突变 （MutExpress II/MutExpress MultiS）引物设计 -根据Tm值、互补区GC含量、双/多点引物设计原则，自动计算待突变位点的扩增引物序列 -自动输出待突变位点部分反向互补全长引物序列 -引物Tm值可直接用于PCR反应中作为退火温度 6. 重组反应DNA 使用量计算程序 -根据实验类型、实验要求自动计算重组反应最适DNA 使用量 7. DNA 序列处理工具 -对输入序列进行反向、互补、反向互补计算 8. 引物Tm值计算工具 -采用最近相邻原理计算输入引物序列的Tm值，该值可用于PCR反应中作为退火温度参考 1/ 14 使用方法 1. 双击CE Design程序文件运行程序： 2. 根据实验用途点击相应按钮 2.1 入门克隆引物设计 ® 适用于使用ClonExpress Entry One Step Cloning Kit （Vazyme #C114）时进行引物设计。 a. 点击“入门克隆 （ClonExpress Entry）”按钮进入入门克隆引物设计界面： b. 将插入片段完整序列输入至左上文本框内 （非ATCG 字符将被自动过滤）： 2/ 14 c. 勾选“是否需要在片段两端添加酶切位点”选项。如果选择“是”则在下部酶切位点选择列表中选择需 要添加的酶切位点名称： d. 点击“生成CE Entry 扩增引物”按钮。左下文本框内即为该插入片段完整正反向扩增引物。每条引 物包含重组序列 （小写