筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试剂盒及应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 108410980 A (43)申请公布日 2018.08.17 (21)申请号 201810059375.3 (22)申请日 2018.01.22 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 广州华大基因医学检验所有限公司　 深圳华大临床检验中心 (72)发明人 叶明芝　郑春婷　曾柳红　李志隆　 宋炎　茅矛　 (74)专利代理机构 深圳鼎合诚知识产权代理有 限公司 44281 代理人 李小焦　彭家恩 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) 权利要求书2页 说明书15页 序列表9页 附图7页 (54)发明名称 筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法、试 剂盒及应用 (57)摘要 本申请公开了一种筛选甲基化PCR检测的目 标区域的方法、试剂盒及应用。本申请的方法包 括(1)从数据库中获取待分析肿瘤甲基化芯片及 对应转录组测序数据；(2)统计正常组与癌症组 的甲基化程度值，筛选不同组别中具有显著差异 的甲基化位点；(3)联合转录组测序表达谱的分 析，统计相关系数，筛选负相关位点；(4)将步骤 (3)获取的甲基化候选位点，与披露的相关文献 关联，筛选获得文献支持报道多且组间甲基化差 异程度大、表达量负相关位点；使用回归算法，获 取最佳敏感性、特异性的位点集合，即目标区域。 A 本申请的方法，综合分析数据库、转录组测序和 0 文献，并结合多重数据过滤和回归算法，能灵敏、 8 9 0 特异的获得甲基化PCR检测目标区域。 1 4 8 0 1 N C CN 108410980 A 权　利　要　求　书 1/2页 1.一种筛选甲基化PCR检测的目标区域的方法，其特征在于：包括以下步骤； (1)从甲基化芯片数据库中获取待分析肿瘤的甲基化芯片及对应的转录组测序数据； (2)统计正常组与癌症组的甲基化程度值，筛选在不同组别中具有显著差异的甲基化 位点； (3)联合转录组测序表达谱的分析，统计相关系数，筛选负相关位点，获得甲基化候选 位点列表； (4)将步骤(3)获取的甲基化候选位点列表，与现有披露的所有相关的文献进行关联， 筛选获得文献支持报道多且组间甲基化差异程度大、与表达量负相关的位点；与此同时，对 步骤(3)获取的甲基化候选位点列表使用回归算法，对已有公开的肿瘤组织样本进行训练 集和测试，获取最佳敏感性、特异性的位点集合；即获得所述甲基化PCR检测的目标区域； 优选的，所述步骤(1)中，所述甲基化芯片数据库为TCGA甲基化芯片数据库，所述甲基 化芯片为甲基化450K芯片； 优选的，所述步骤(3)中，所述相关系数包括与位点甲基化程度beta值相关的系数，即 spearman、pearson、kendall三个系数，通过这三个系数筛选负相关的位点，其中，相关系数 绝对值越接近1，表示越相关； 优选的，所述步骤(4)中，所述回归算法为LASSO回归算法。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，筛选在不同组别中具有显 著差异的甲基化位点，具体包括，通过TCGA样本命名规则，对样本进行归