亚群特异共表达网络鉴定方法发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 110706744 A (43)申请公布日 2020.01.17 (21)申请号 201810744911.3 (22)申请日 2018.07.09 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 (72)发明人 袁永娴　唐冲　陈伟填　李丛　 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限 公司 11245 代理人 关畅　白艳 (51)Int.Cl. G16B 20/20(2019.01) 权利要求书2页 说明书8页 附图6页 (54)发明名称 亚群特异共表达网络鉴定方法 (57)摘要 本发明公开了一种亚群特异共表达网络鉴 定方法。本发明提供了一种待测样本亚群特异共 表达网络鉴定方法，包括如下步骤：1)将待测样 本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量数值 均一化处理；2)将原始UMI均一化结果过滤，3)计 算过滤后基因的两两加权中值相关bicor；4)将 加权中值相关结果过滤，得到强共表达基因关系 对；5)将所述待测细胞亚群过滤后的强共表达基 因关系对，减掉在该亚群中所有细胞中均出现共 有的强共表达的基因关系对，即得到该细胞亚群 特异的共表达基因对；再用所述该细胞亚群特异 的共表达基因对构建出待测样本亚群特异基因 A 共表达网络。本发明针对亚群的方法更有针对 4 性，更为灵敏。 4 7 6 0 7 0 1 1 N C CN 110706744 A 权　利　要　求　书 1/2页 1.一种待测样本亚群特异共表达网络鉴定方法，包括如下步骤： 1)将待测样本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量进行数值均一化处理，得到待 测样本亚群中每个样本中每个基因的原始UMI均一化结果； 2)将所述待测样本亚群中每个样本中每个基因的原始UMI均一化结果按照满足如下原 则A进行过滤，得到待测样本亚群中过滤后基因： 所述原则A为如下(a)或(b)： (a)如果某个基因在其所在样本亚群的大于等于80％的样本中原始UMI均一化结果都 为0，则过滤掉该基因，保留其余基因； (b)如果某个基因的原始UMI均一化结果在其所在样本亚群中变异系数cv小于阈值，则 过滤掉该基因，保留其余基因； 3)计算所述待测样本亚群中过滤后基因的两两加权中值相关，得到待测样本亚群中所 有样本所有基因对的加权中值相关结果； 4)将所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果按照如下原则B过 滤，得到待测样本亚群过滤后的强共表达基因关系对： 所述原则B为如下(c)或(d)： (c)将所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果从小到大依次排 列，取基因对中加权中值相关最大的5％的基因对和最小的5％的基因对； 或，(d)根据所述待测样本亚群中所有样本所有基因对的加权中值相关结果自定义的 阈值，取加权中值相关结果绝对值大于阈值的基因关系对； 5)将所述待测样本亚群过滤后的强共表达基因关系对，减掉在该亚群中所有样本中均 出现共有的强共表达基因关系对，即得到该样本亚群特异的共表达基因对； 再用所述该样本亚群特异的共表达基因对构建出待测样本亚群特异基因共表达网络。 2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于： 所述数值均一化处理为将待测样本亚群中每个样本的各个基因原始UMI数量按照如下 公式1进行计算得到待测样本亚群中某个样本中某个基因的原始UMI均一化结果：