进化树构建方法-MEGA.pdfVIP

利用 MEGA 来构建进化树（ molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析） 打开 mega5，选择 Alignedit/built alignmentcreate a new alignment — OK 选择 DNA/protein 出 现 新 的 对 话 框 Open 选择已经保存好的用 clustalx 经过比对保存的以 .aln 格式的文件 打开之后，出现下面的页面 双击文件名可以进行修改的。我的就是从这里开始修改把 A,B,C 都去掉，只留号码就好 右键菜单点击 delete 删除带※的那一行。得到下面的图示，点击保存，重新起名字。 之后点击此图内的 Alignment 选择 Align by clustalW 即可。 默认设置即可， 点击 OK 就进行比对了， 此后会出现一个过渡对话框， 显示的是两两比对和 多序列比对的过程 之后回到初始页面，就是这个页面 之后点 File 点开，把刚才保留的文件点开 然后出现下面的页面 多了几个内容，点击 TA 的那个框框。 之后出现这样的框框图片 然后在主程序中选择 phylogenyconstruct/test neighbor-joining tree, 然后出现下面的页面 黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把 Bootstrap 的值改为 1000 Methods 根据文献上的参考改为了 Kimura2-parameter model. 之后点击 compute,就出现了，而且还带有必需的支持率 即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点 都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也 出现了， 就给这个分枝打上一分， 如果没出现就给 0 分， 这样经过你给定的 repetitions 次（至少 1000 次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成 bootstrap 值。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据 的情况选用不同的构树方法和模型。