计算机在药物研究中的应用.pptxVIP

第六章 计算机在药物研究中的应用 ;一、计算机在新药开发中的应用 ;1、新药发现的途径 ;; ;创新药物研究的发展趋势 ;;2、高通量药物筛选活性数据的计算机处理技术 ;高通量药物筛选的数据处理特点 ;;3、计算机辅助药物设计（CADD） ;举例;之后，上海药物所利用药物虚拟筛选技术发现的抗SARS活性的潜在药物，证明了利用InsightII所模建的3CL蛋白水解酶的三维结构的合理性及所预测活性位点的正确性。 在成功地锁定了抗SARS病毒药物的作用靶点并揭示了SARS病毒感染途径和作用机理之后，组成了包括数十万个化合物的抗SARS药物虚拟筛选数据系统，并利用这一系统在拥有64个CPU的SGI超级计算服务器上，针对SARS病毒靶点和作用机理进行了大规模的抗SARS药物的虚拟筛选，找到了上百个具有潜在抗SARS活性的化合物。经过DDDC专家的认真分析和实验验证，在不到一个月的时间里，发现了19个有抗SARS活性的潜在药物。;CADD常用网址;二、计算机在中药方剂研究中的应用 ;;2、中药三维结构重建; ;2）软件实现 为了从中药材的截面图象序列重建其三维组织结构,必须进行数据预处理、多目标识别、表面逼近、三维显示4个步骤。;;3、中药复方的计算机模拟研究 ;北大九源药物分子设计系统(PUJYDDS)——用于中药复方研究的基于分子间相互作用的计算机系统，包括： 草药成分三维结构数据库 受体三维结构数据库 代谢库 具有生物活性数据的化合物数据库(MDDR)为核心的知识库系统 以分子对接(包括软对接、柔性对接及组合对接)为核心的分子间相互作用计算机模块;;三、药物信息数据库的开发 ; ;2、中药有效成分三维结构数据库的开发和研究 ;开发了包含6500个中药有效成分的二维结构数据库(3D—MSDT， 3D Molecular Structure Database of Traditional Chinese Drug),并配套开发了数据库检索和维护系统以及二维和三维分子显示系统。整个数据库系统既可单独运行，也可和PKUDDS实现无缝连结。;中药有效成分的相关数据主要从报道的文献中采集。文献的范围包括重要的有关中草药有效成分的中医药典籍以及十余种与中药有关的中文杂志。 中药植物的不同用药部位所包含的有效成分分子结构、异名、化学名、物理性状、植物来源、药理药效、文献出处等等。 对所有的结构，同时提供了二维结构和三维结构。;1） 3D-MSDT 的后端支持和前端开发 3D-MSDT的后端支持选用关系数据库模型进行数据的描述和管理，具体的数据库管理支持系统则选用SQLSever。 DrugStruDB库用于存放中草药有效成分的所有结构有关的信息 DrugPropDB库用于存放中草药有效成分的所有与结构无关的性质信息 DrugNameDB库用于存放中草药有效成分的化合物名称信息； 分子的三维结构，以mol文件格式储存； ;;子结构匹配检索 带有初步药效团搜索色彩的子结构匹配检索。关键是匹配的速度 。 侧重于算法的选择和实现。 偏序理论的回溯算法 子结构匹配中，对于mol文件格式采用了自己的邻接表描述方式 将得到的每一个邻接表直接以数组的二进制形式的内存映像存人数据库 子结构检索的输入是采用mo1文件描述子结构作为检索算法的输入。; 思考题：