毕业设计（论文）基于云南臭蛙抗菌肽序列特性分析的药物设计策略..doc

毕业设计（论文） 题 目 基于云南臭蛙抗菌肽序列特性 分析的药物设计策略 学院(部) 生物产业学院 专 业 药学 　 学生姓名 学 号 200710516105 年级 07级 指导教师 职称 讲师 2011 年 5 月 成都大学学士学位论文（设计） PAGE I 基于云南臭蛙抗菌肽序列特性分析的药物设计策略 摘要：[目的]分析抗菌肽结构与活性之间的关系，提出一种抗菌肽类药物的设计策略，为以后抗菌肽分子的设计和改造提供理论基础。[方法]采用生物信息学的方法，分别从云南臭蛙抗菌肽的一级结构、二级结构、导肽、信号肽、功能域、保守结构域、疏水/亲水性分析和多序列比对等方面对9种云南臭蛙抗菌肽进行序列特性分析，并以这些抗菌肽序列为模板进行设计和改造。[结果]云南臭蛙成熟肽均为带正电荷的疏水性蛋白，α螺旋是其二级结构的主要元件，该类肽的C端均具有保守的Rana-box环状结构。在此基础上，人工合成了一条可能具有抗菌活性的序列：GL(A/V/I)AANFLPK(T)AF(L)C XXXK(R)KC。[结论]α螺旋和正电荷是保证抗菌肽具备抗菌活性的主要条件，在对成熟肽序列进行氨基酸残基替代或肽链截短后，可化学合成此类抗菌肽，为此类药物的获得提供一条捷径。 关键词：云南臭蛙；抗菌肽；生物信息学；药物设计策略 Drug design strategy based on sequence characteristic analysis of Rana andersonii antimicrobial peptides Abstract：[Objective] To analyze the relationship between the structure and activity of antibacterial peptides, put forward a design strategy of antibacterial peptide drugs, providing a theoretical basis for the future design and modification of the peptide molecules. [Method] Nine kinds of Rana andersonii antibacterial peptides were analyzed by using the bioinformatics tools, including the structure of primary and secondary, target and signal peptide, functional domain, conserved domain, hydrophobic/hydrophilic and multiple sequence alignment. [Results]Mature peptides from Rana andersonii are positively charged hydrophobic protein and α-helix is the main component of their secondary structure. Such peptides all have conservative Rana-box ring structure on their C-terminal. Based on the results, a peptide: GL (A/V/I) AANFLPK (T)AF(L)CXXXK(R)KC may have strong activity was synthesized artificially. [Conlusion]α-helix structure and positive charge of the peptide are the main factors to the peptides’ activity. It is a shortcut to obtain the peptide like drugs by amino acid residue substitution or peptide chain truncation. Key words: Rana andersonii; Antibacterial peptide; Bioinformatics; Drug design strateg