生物信息学第一章 DNA、RNA和蛋白质序列信息资源.pptx

第一章 DNA、RNA和蛋白质序列信息(xìnxī)资源;生物(shēngwù)信息学（bioinformatics） ;生物(shēngwù)信息学研究内容;生物信息学研究(yánjiū)重点;生物(shēngwù)信息学数据库;生物(shēngwù)信息学数据库分类;第二节 核酸(hé suān)序列数据库Section 2 Nucleic Acid sequence Databases;三大核酸(hé suān)序列数据库 ;特殊(tèshū)类型核酸序列数据库：;基因组相关(xiāngguān)数据库：;核酸(hé suān)三维结构数据库：;基因(jīyīn)表达数据库：;人类(rénlèi)基因突变及疾病相关数据库：;一、GenBank数据库 ;GenBank是具有目录和生物学注释的核酸序列(xùliè)综合数据库，由美国国家医学图书馆的国家生物技术信息中心构建、维护和管理。该中心位于美国马里兰国家健康研究所（NIH）。GenBank数据库的序列(xùliè)数据来源于序列(xùliè)发现者提交的序列(xùliè)、批量提交的表达序列(xùliè)标签（expressed sequence tag, EST）、基因组测序序列(xùliè)（genome survey sequence, GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标局提供的已发表专利的序列(xùliè)数据。 ;GenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核酸序列数据库（European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database，EMBL）和日本的DNA数据库（DNA Data Bank of Japan DDBJ）进行(jìnxíng)数据交换，以保证数据库内容在全世界范围的同步性。 ;在NCBI（）的主页上提供了进入GenBank的路径、相关检索和分析服务。 通过NCBI的检索系统（Entrez）可以进入GenBank。Entrez检索程序整合了主要的DNA和蛋白序列数据的分类学、基因组、图谱、蛋白结构和结构（功能）域信息，还包括(bāokuò)相关的PubMed的生物医学文献信息。 BLAST程序提供GenBank和其他序列数据库中序列相似性搜索服务。 ;（一）GenBank数据库结构(jiégòu) ;（一）GenBank数据库结构(jiégòu);（二）构建(ɡòu jiàn)数据库;（三）检索(jiǎn suǒ)GenBank数据;二、EMBL数据库;三、DDBJ数据库 ;四、其他重要的核酸(hé suān)序列数据库;第三节 蛋白质序列(xùliè)数据库Section 3 Protein Sequence Database ;常用(chánɡ yònɡ)的蛋白质序列数据库： ;蛋白质功能(gōngnéng)、结构域和蛋白质家族有关的数据库： ;蛋白质三维结构(jiégòu)相关数据库： ;蛋白质二维凝胶电泳数据库： ;信号传导(chuándǎo)及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库：;DNA和蛋白质相互作用数据库：DPInteract 蛋白质翻译(fānyì)后修饰相关数据库： O-GlycBase、PhosphoBase、RES蛋白质等蛋白质;一、PIR数据库;PIR信息库资源(zīyuán) ;PIR主要(zhǔyào)数据库： ;1.UniProt-通用蛋白质资源库 UniProt（）是存储和链接其他蛋白质数据库的资源库，并且是蛋白质序列和具有综合功能注释目录的中心资源库。使用UniprotKB可以(kěyǐ)检索准确、可靠的蛋白综合信息。使用UniRef可以(kěyǐ)减少冗余，加速序列相似性搜索。使用UniParc可以(kěyǐ)检索存档序列和它们来源的数据库。 ;2. iProClass-蛋白质知识整合数据库 iProClass（）提供来自90多个生物学数据库的大量整合数据，包括蛋白ID图谱(túpǔ)服务、UniProtKB编注蛋白质摘要描述和筛选UnParc数据库的蛋白质序列。使用iProClass可以检索最新的蛋白质综合信息，包括：功能、转导通路、相互作用、家族分类、基因和基因组、功能注释标准体系（ontology）、文献和分类学信息。使用iProClass还可以检索ID图谱(túpǔ)、蛋白质词典和相关序列。;3. PIRSF-蛋白质家族分类系统 PIRSF（）分类系统概要论述家族的特征，如家族名称、分类分布、分级和功能域结构，以及家族成员，包括功能、结构、传导(chuándǎo)通路、功能注释标准体系（ontology）和家族分类。利用这些信息可以获得蛋白质的准确功能或预测的功能和该蛋白质所属家族成员共有