酶的催化机制2010.pptxVIP

会计学;第二节 过渡态稳定学说;;支持过渡态稳定学说的证据;脯氨酸消旋酶的过渡态及其过渡态类似物抑制剂;第三节 过渡态稳定的化学机制;一 邻近定向效应;邻近效应与定向效应对反应速度的影响： ① 使底物浓度在活性中心附近很高 ? ② 酶对底物分子的电子轨道具有导向作用 ? ③ 酶使分子间反应转变成分子内反应 ④ 邻近效应和定向效应对底物起固定作用 ;二 广义的酸碱催化;广义的酸催化 广义的碱催化;溶菌酶Glu35的广义酸催化;溶菌酶的Glu 35被疏水氨基酸残基所环绕;;三 静电催化;溶菌酶Glu35将质子交给糖苷键上的O原子以后，O因此带上正电荷，随后糖苷键断裂，左边的糖基1号位的C原子带上正电荷，邻近的Asp52的羧基本来于解离状态，带负电荷，起着中和正电荷稳定过渡态的作用。;四 金属催化;五 共价催化;几种酶的共价催化;六 底物形变;底物形变;溶菌酶也利用这种方式进行催化：与溶菌酶活性中心结合的6碳糖在溶菌酶的诱导下，从椅式构象变成半椅式构象而发生形变，周围的糖苷键更容易发生断裂。; 七 活性中心的微环境 ① 疏水环境 介电常数低，加强极性基团间的作用。 ②电荷环境 在酶活性中心附近，往往有一电荷离子，可稳定过渡态的离子。 ;第四节 几种常见酶的结构与功能; 所有蛋白酶在催化过程中都经历四面体的过渡态，该过渡态形成的原因是反应涉及一个亲核基团进攻肽键的羰基碳。如果是丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶，进攻的亲核基团分别是Ser残基的羟基和Cys残基的巯基，否则就是水分子。丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶的催化机理中包括共价催化，脂酰基酶是酶与底物的共价中间物，而金属蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶催化的反应更为直接，没有共价催化。 ;丝氨酸蛋白酶;　　　 虽然各种丝氨酸蛋白酶具有高度的同源性，但构成催化三元体的三个氨基酸残基在肽链中的位置并不完全相同。然而，酶学家已达成共识，将这三个氨基酸残基总是进行一样的编号，即His57、Asp102和Ser195。它们在催化中的具体功能是： （1）Ser195充当进攻底物的亲核基团； （2）His57作为广义的酸碱催化剂； （3）Asp102 的功能仅???是定向His57，影响His的 pKa，改 变其酸碱性质。 ;胰蛋白酶具有很深的底物结合口袋，而口袋的底部又是Asp，特别适合长的碱性氨基酸侧链（Lys和Arg）的结合；胰凝乳蛋白酶的底物结合口袋没有胰蛋白酶深，但比它宽，而且口袋壁分布的是疏水氨基酸，所以特别适合芳香族氨基酸的结合；弹性蛋白酶的底物结合口袋非常浅，最适合结合侧链较小的氨基酸残基。;;; 二 溶菌酶;溶菌酶催化的反应;溶菌酶-底物复合物;溶菌酶活性中心与底物结合示意图;三 超氧化物歧化酶（SOD）;SOD类型;;溶菌酶Glu35将质子交给糖苷键上的O原子以后，O因此带上正电荷，随后糖苷键断裂，左边的糖基1号位的C原子带上正电荷，邻近的Asp52的羧基本来于解离状态，带负电荷，起着中和正电荷稳定过渡态的作用。;六 底物形变;溶菌酶也利用这种方式进行催化：与溶菌酶活性中心结合的6碳糖在溶菌酶的诱导下，从椅式构象变成半椅式构象而发生形变，周围的糖苷键更容易发生断裂。;　　　 虽然各种丝氨酸蛋白酶具有高度的同源性，但构成催化三元体的三个氨基酸残基在肽链中的位置并不完全相同。然而，酶学家已达成共识，将这三个氨基酸残基总是进行一样的编号，即His57、Asp102和Ser195。它们在催化中的具体功能是： （1）Ser195充当进攻底物的亲核基团； （2）His57作为广义的酸碱催化剂； （3）Asp102 的功能仅仅是定向His57，影响His的 pKa，改 变其酸碱性质。 ;　　　 虽然各种丝氨酸蛋白酶具有高度的同源性，但构成催化三元体的三个氨基酸残基在肽链中的位置并不完全相同。然而，酶学家已达成共识，将这三个氨基酸残基总是进行一样的编号，即His57、Asp102和Ser195。它们在催化中的具体功能是： （1）Ser195充当进攻底物的亲核基团； （2）His57作为广义的酸碱催化剂； （3）Asp102 的功能仅仅是定向His57，影响His的 pKa，改 变其酸碱性质。