beast系列软件使用.docxVIP

. . 个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、File- — Import Data —翻开 NEXUS(beauti 软件的 NEXUS 文件与 PAUP 软件的有不同 ) 文件翻开后显示为 2、选择 Taxon Sets通过建立一套定义子集分类， 这个窗口允许你建立分类单元内的子集序列 数据。这也允许你去记录每个分类 tMRCA 子集最近的共同祖先 ,设置分布在相应分歧时间的分歧倍。最后 tMRCAs 在日志文件中应按单位相同规定你的 DNA 序列。 这些分类单元可以代 表不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是 ,建立一个分类单元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“ +〞在左下角，创立几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分 类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在 MCMC 分析的时候保持单源。最后可以得到类似： 3、选择 substitution model 这里主要是模型的选择 substitution model 中主要为三个模型 HKY GTR TN93根据模型构建来选择 Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model 中 None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None( 假定物种的进化保持相同的速率 ) Gamm〔a物种的进化不是相同的速率〕Invariant sites 〔数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化 速率是相同的〕 Partition into codon positions 中 off/2 partitions:positions(1+2),3/3 partitions:positions1,2,3 off ：分析不能转录成 RNA 的 DNA partitions:positions(1+2),3:1,2 段转录比拟慢， 3 段转录比拟快 有些〔 name 下有两个以上〕这时需要选择Models〞Data Partitions 有些〔 name 下有两个以上〕这时需要选择 Models〞 Data Partitions 的 Unlink Subst 4、选择 clock model 选择 the relaxed molecular clock models 数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。 数据都是用到 the relaxed molecular clock models 很多 选择适宜的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors ：我们比拟多的希望使用 Yule 模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑序列不同的种类。 6、Priors 在有数据的情况下，改变设置 trmc 〔〕的 Priors ，其他的参数设置大概估计不出现红色即可。 7、MCMC Length of chain ：取决于数据大小和质量，系统默认为 10， 000， 000 Echo state to screen every 和 log parameters every ：多少的马尔科夫链的参数显示在屏幕上和记录在日志文件中。前一个系统默认为 10， 000 这个数值不要低于 10,000 ，不然会有一大堆没用的数据出现在屏幕上，拖累了速度 8 输出创立 XML 文件 Running BEAST Run 完以后出现两个文件和XX.TreeAnalyzing the results 使用 Tracer Run 完以后出现两个文件和 XX.Tree Analyzing the results 使用 Tracer 软件 翻开 XX.log.txt 查看结果 Select meanRate 去查看 95%HPD TreeAnnotator Obtaining an estimate of the phylogenetic tree Burnin 数据得到为前面 BEAUti 软件中 a chain length/sampling(800,000/200) 400 的 1% 为 40 Posterior probability limit 将这个值设置为 0 诠释了所有的节点。 Viewing the Tree 使用 FigTree 软件 Beasuti 软件在使用时还有 在 BEASUti 的 Taxa 的默认时间为 0，而有时候参数要进行设置