2021年VMD中实现原子的数值着色方法.pdf

精品 pdf资料 欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - VMD 中实现原子的数值着色方法 本文的操作是在 VMD 1.8.6 中进行。 想作出下面的图吗？ 想让体系中的原子在每一帧都可以按某一属性 （能量、位移、 破坏程度等等） 进行着色吗？ 那就阅读本文吧！ 只要是对原子根据某一数值进行着色，本文的方法都可以实现，对单帧或多帧都适用。 一、准备数据文件 1、首先是需要用来着色的轨迹文件，单帧或多帧的都行，文件名为 dump.pdb 这里要说明一下： 文件名的后缀必须是 VMD 能识别的，建议使用 pdb 格式或 xyz 格式的（VMD 默认就能打开的格式） ，后面会解释为什么。 得到 pdb 格式或 xyz 格式的方法： 打开 VMD ，成功导入轨迹文件或分子文件， VMD main 窗口， file save coordinates Selected atoms 选择 all ；File type 选择 pdb, 或 xyz。Frames 下面用默认的就行。 格式转换后的文件存在 VMD 的安装主目录下（我的是 C:\Program Files\University of Illinois\VMD ）。 2 、其次为用于给原子着色的数据文件， 就是想让原子按哪些数值显示颜色， 命名为 user.data 数据文件的名字无所谓， 但其格式有要求， 数据文件里的数值只有单一的一列， 而且从第一 个值到最后一个值必须与轨迹文件中的原子一一对应，数值之间不能空行，例如： dump 文件的数据如下 : 学习资料 精品 第 1 页，共 4 页 - - - - - - - - - - - - - - - - - 精品 pdf资料 欢迎下载 - - - - - - - - - - - - - - - ITEM: TIMESTEP 0 ITEM: NUMBER OF ATOMS 20514 ITEM: BOX BOUNDS -0.0001 0.8001 -0.0501 0.2001 -0.1001 0.1001 ITEM: ATOMS