基因的定位克隆.ppt

编辑课件 基本实验方法 F2定位群体构建 植物总DNA的提取 PCR反应 聚丙烯酰胺凝胶电泳 引物设计 F2群体构建 引物设计常用软件及网站 设计软件： primer3.0 /cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi primer5.0（寻找酶切位点，设计引物） Webprimer /cgi-bin/web-primer 序列分析软件： DNAstar（分析序列特征，引物质量，编辑序列） 基因的初步定位（BSA法） 筛选亲本间多态性引物 筛选池间多态性引物 小群体验证 初步定位带型分析 正常亲本 突变亲本 突变池 正常池 RM1（亲本之间有多态，池间无多态） RM2(亲本和池之间均有多态） 正常亲本 突变亲本 突变池 正常池 编辑课件 基因的定位克隆 千奇百怪的突变体 这些突变体是怎么产生的呢？ 突变体:是某个性状发生可遗传变异的材料，或某个基因发生突变的材料。 水稻 基因定位（mapping）：是用一定的方法将基因确定到染色体上的实际位置。 一、连锁分析（Linkage analysis） 1）概念： 基因定位的连锁分析是根据基因在染色体上呈直线排列，不同基因相互连锁成连锁群的原理，即应用被定位的基因与同一染色体上另一基因或遗传标记相连锁的特点进行定位。 2）重组值（recombination fraction） 是基因定位时两个基因间遗传图距的量度，即基因间的遗传距离。如果两个基因间有1%的重组值，其遗传图的距离为1厘摩。（centimorgan，cM）交换值(RF)(%)=重组型的配子数/总配子数×100% 重组值越大，说明两基因间的距离越远，基因间的连锁强度越小；重组值越小，说明基因间的距离越近，基因间的连锁强度越大。 3）遗传标记（genetic marker） 用连锁分析发法进行基因定位需要已知的DNA序列作为遗传标记，这些标记按孟德尔方式遗传，标记位点应是多态的。 4）遗传多态性：是指在一个遗传座位上具有一个以上的等位基因，且各个等位基因在群体中出现的频率皆高于1%。 二、三点测交(three-point testcross)与染色体作图 为了进行基因定位，摩尔根和他的学生Sturtevant创造了三点测交方法，即将3个基因包括在同一次交配中。进行这种测交，一次实验就等于3次两点试验。 已知在果蝇中棘眼(ec)、截翅(ct)和横脉缺失(cv)这3个隐性突变基因都是X连锁的。把棘眼、截翅个体与横脉缺失个体交配,得到3个基因的杂合体ec ct +/+ + cv (ec、ct、cv的排列不代表它们在X染色体的真实顺序)，取其中3杂合体雌蝇再与3隐性体ec ct cv/Y雄蝇测交，测交后代如下表。 ec ct +/ + + cv× ec ct cv/Y测交后代数据 结果分析 1、归类 2、确定正确的基因顺序 用双交换型与亲本类型相比较，发现改变了位置的那个基因一定是处于中央的位置，因为双交换的特点是旁侧基因的相对位置不变，仅中间的基因发生变动。于是可以断定这3 个基因正确排列顺序是ec cv ct。 亲本型 ec ct + + + cv 双交换型 + + + ec ct cv ec ct + + + cv ec + ct + cv + ct ec + + + cv ec + + + ct cv ec cv ct + + + ct + + + ec cv 3、计算重组值，确定图距 (1)、计算ct—cv的重组值 忽视表中第一列(ec/+)的存在，将它们放在括弧中，比较第二、三列： ct—cv间重组率 =(217+223+5+3)/5318 =0.084=8.4%=8.4cM (3)、计算ec—ct的重组值 忽视表中第三列(+/cv)的存在，将它们放在括弧中，比较第一、二列： ec—ct