气体在聚合体中扩散的测量.pptxVIP

1; 在Homopolymer 对话框中选取Advanced。选上Random ，点击Build。关闭Homopolymer 对话框。 一个名为Polydimeth_siloxane.xsd 的新的3D 自动文档会打开。;现在可以勾画出氧分子。 激活。点击Sketch Atom 按钮，从下拉菜单中选择oxygen。 在3D Viewer上左键单击，然后松开左键，移动鼠标以形成一根键。鼠标移到一定距离，键不能再伸长。 双击左键，完成构建。 把鼠标移到键上面，它会变成浅蓝色， 这时左键点击一下变为双键，O2分子完成构建。 注意，在这些操作中，鼠标状态为 。不能点 。 完成O2分子的构建后，点 ，避免产生新的原子。;你需要对氧分子命名一下，不然，MS Modeling 就会用默认的名字。 在Properties Explorer 中，把Filter 改成Molecule。双击Name，输入oxygen，点击OK。注意核对 ChemicalFormula中是否显示O2。;; 在Charges 对话框中指明氧分子是用charge group 的。 激活。从菜单栏中选取Modify / Charges 来显示Charges 对话框，选择Charge Groups条目，点击Calculate。 ;;;;;;;在Constituent molecules 部分， 点击Number cell for oxygen ， 把它改为4 。对 Polydimeth_siloxane.xsd 作同样操作，不过把数值改为8。 把Number of configurations 从10 改为1，把Target density of the final configurations 从1 改为。 不选上the Refine configurations following construct 复选框。;; 在Project Explorer 中出现了一个新的名为 AC Constr 的文件夹。当计算结束时，会产生一个包含不规则晶胞的轨迹文档。 关闭Amorphous Cell Construction 对话框。双击。这个文档中包含了一个有八聚PDMS 和4 个氧分子的周期性晶胞。;３． 晶胞的弛豫。 当一个无规则晶胞生成时，分子可能不是等价地分布在晶胞中，这样就造成了真空区。为了矫正这个，要进行能量最小化来优化晶胞。最小化过后，要进行分子动力学模拟来平衡晶胞。 当你构建无规则晶胞时，都要用能量最小化和分子动力学来进行结构弛豫。 在能量最小化之前，清空工作区。 选择File | Save Project，接着再从菜单栏中选取Windows | Close All。双击 Project Explorer 中的。 当一个包含周期性结构的3D 原子文档被打开时，那些非键的设定会重新变成默认值。文档cell.xtd 中也有周期性结构，因此在打开之后要把非键的设定从默认值改回来。 从菜单栏中选择Modules | Discover | Setup 来显示Discover Setup 对话框，从中选取Non-Bond条目。把Apply settings to 改成 vdW Coulomb。把Summation method 改成 Group Based。 ;关闭Discover Setup 对话框。 现在你已经准备好对整个晶胞进行能量最小化了。由于本教程中时间有限，只能进行2000步的优化计算。在实际计算中，因该把整个优化运行完全。 点击工具条上的Discover 按钮 ，然后从下拉列表中选择Minimizer。在Discover Minimization对话框中，把Maximum iterations从5000改为2000。点击Minimize。关闭Discover Minimization 对话框。; 任务结束后，最终的结构保存在文件夹cell Disco Min 中。现在要用分子动力学模 拟继续进行弛豫。 从菜单栏中选取Modules | Discover | Dynamics。将会显示Discover Molecular Dynamics 对话框。;; 有各种不同的分子动力学模拟，以系综分类，分别为NVE, NVT, NPT, 和NPH。字母含义如下： N=固定粒子数 V=固定体积 E=固定能量 T=固定温度 P=固定压强 H=固定焓