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单端测序(Single-read)和双端测序(Paired-end和 Mate-pair)的关系 陆桂，药明康德基因组中心 目前3种测序技术 Roche454 ，Solexa和ABISOLID 均有单端测序和双 端测序两种方式。在基因组 DeNovo 测序过程中，Roche454 的单端测序读长 可以达到400bp ，经常用于基因组骨架的组装，而Solexa和ABISOLID 双端 测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa为例，对单端测序 (Single-read)和双端测序(Paired-end和 Mate-pair)进行介绍。Single-read、 Paired-end和 Mate-pair主要区别在测序文库的构建方法上。 单端测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp 的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在 flowcell 上生成DNA簇，上机测序单端读取序列(图1)。 Paired-end方法是指在构建待测 DNA文库时在两端的接头上都加上测序 引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模