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LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 #以下为弛豫过程 thermo 25 #每25步在屏幕上打印热动力学统计量 thermo_modify temp new3d #输出的温度按new3d方案计算 timestep 0.001 #时间步长为0.001ps run 100 #弛豫100个载荷步 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 #以下为剪切加载 velocity upper set 1.0 0 0 #上边界原子施加x方向的速度 velocity mobile ramp vx 0.0 1.0 y 1.4 8.6 sum yes #在y[1.4,8.6]区域定义0，1之间的vx插值速度 #该速度累加到弛豫的速度上 Unfix 3 #释放弛豫时候的温度约束3 fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0 #重新施加温度调控约束3 fix_modify 3 temp new2d #温度的计算采用new2d计算方案 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 #以下为剪切计算 Dump 1 all custom 100 dump.shear tag type x y z c_new2[4] #每100步输出，c_new1d[4]为new1d计算的原子应力 thermo 100 thermo_modify temp new2d #每次输出屏幕上的温度按new2d方案计算 reset_timestep 0 #重新设当前为第0步 run 3000 #剪切计算3000步 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 常用模拟软件 Lammps功能和原理 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 NAMD：免费 主要针对与生物和化学软材料体系，程序设计水平高，计算效率高。有很好的分析辅助软件VMD。 AMBER 主要针对生物体系，也适当兼容一般化学分子。有很好的内置势能模型，自定义新模型和新分子很方便，有很完善的维护网站。计算效率不高运算速度慢。 CHARMM 主要针对生物体系，也包含部分化学体系。势能模型更新很快自定义新模型比较方便。计算效率低。 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 GROMACS 免费 主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。 TINKER 免费 一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。 DL-POLY 一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好。 Materials Studio 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS 免费 一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。 Materials Explorer 立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body，3Body，EAM，AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面，方便使用者操作。 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 Lammps初识 Lammps的功能 Lammps的原理 Lammps的特点 Lammps的应用 2021/3/26 LAMMPS软件与分子模拟的实现 ppt课件 LAMMPS软件与分子模拟的实现 Lammps程序是一个经典分子动力学计算程序。全称 Large-scale Atomic/Molecular Massively Paral