用MaterialStudio构建表面模型.docVIP

用MaterialStudio成立表面模型 用MaterialStudio成立表面模型 PAGE / NUMPAGES 用MaterialStudio成立表面模型 Material Studio 是一款功能富强的软件，其功能自然不不过限于构造模型。在这里，我们就牛刀小试，用 Material Studio 来成立我们所感兴趣的吸附表面。最简单的 (111)也许 (100)面比较简单，但是稍微复杂点的，比方 (110)面的构造若是是手工就要稍花力气。而 Material Studio 这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切面。我们以构造 Pt (110)表面为例，主要过程以下： 第一 ,import 一个晶格系统 ,在 structure 目录里可以选择 metal/pure-metal, 找到 Pt 的晶格文件 .倒入后，我们可以看到 Pt 是 fcc 密堆构造。 第二 ,选择 build-cleave surface .尔后在 cleave plane对话框里设定需要解理的晶面指数 ,这里我们选择 110。 第三 ,选择 layer 的厚度 ,就在 depth 里选择 fraction, 也就是重复的晶面数 ,注意这里不是周期数。若是是三层的在 depth 里设定 6 就好了。没有掌握的话 ,可以任意设定必然 depth 值 ,cleave 此后还可以依照厚度来 recleave. 第四 ,同样在 build-crystal 选项里选择 bulid-vacuum slab 设定真空层厚度。在这里，我们设定真空层厚度为 10A。到这里就差不多已经搞定 Pt (110)表面的修筑了。构造完的 Pt (110)表面以以下图所示 最后，我们可以用 File$\rightarrow$Export 菜单把它导出成 cif 也许 pdb 文件。以 pdb 文件为例，以下是导出的 pdb 文件 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sat Oct 2106:15:00Pacific Standard Time 2006 1 / 2 ATOM 1PT1MOL ATOM 2PT1MOL ATOM 3PT1MOL ATOM 4PT1MOL ATOM 5PT1MOL ATOM 6PT1MOL ATOM 7PT1MOL ATOM 8PT1MOL ATOM 9PT1MOL ATOM 10PT1MOL ATOM 11PT1MOL ATOM 12PT1MOL TER 可见，文件中从第 6 列到第 8 列的坐标即为相应的 Pt 的直角坐标，而第三 行中的内容分别是基矢的长度和相对的夹角。有了这些信息，我们就可以特别简单的将 Pt 的构造信息用到 VASP等其他程序的输入文件中。 其实对 vasp 可以更简单，若是装有 castep 的话直接让它生成 castep 的输入文件，尔后把这个 project 文件夹中 .cell 文件（默认是隐蔽的）的前面一部分直接就是 POSCAR 2 / 2