RDP4软件分析指南.ppt

重组检测软件RDP4的应用 汇报人：赵烨 第一页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 Introduction RDP4 (Recombination Detection Program version 4) 是一个检测和分析重组信号的软件，包括7种基本检测程序（RDP method, GENECONV, Bootscanning, MaxChi, Cimaera, 3SEQ and SiScan）和4种附加检测程序（LARD, PHYLPRO, distance plots and TOPAL）。 第二页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 第三页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 操作基本步骤 打开一个.meg格式的文件：左击鼠标open按钮。 点击页面顶端options按钮，进入General页面选择一系列参数： 左击主界面上的X-over按钮开始进行重组分析。 分析完毕后出现四个界面，顺时针方向依次为： Sequence display The recombination information display Schematic sequence display Plot display 第四页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 第五页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 第六页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 Figure 1. The main components of the RDP interface. Command buttons 命令按钮 Tree display 进化树显示 Matrix display 矩阵显示 Recombination info. Display 重组信息显示 Sequence display 序列显示 Plot display绘图显示 Schematic sequence display 图解序列显示 Identity display 同源性显示 RDP4界面的主要组成部分 分析进度条 第七页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 Position indicator位点指示 Identity display同源性显示 Sequence display序列显示 Sequence names Toggle sequence display Identity indicator Toggle identity display sequence display. 第八页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 左击序列中的部位可以显示不同颜色代表的含义 鼠标悬空在某个核苷酸上会显示出该核苷酸处于何序列的具体位置 右击鼠标可以保存不同形式你想要的序列 第九页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 Warnings and additional method specific info. P-Value s Probable recombinant (recombinant) and parental sequences Breakpoint positions: In sequence (in alignment) Method used to detect recombinant region The recombination information display 第十页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 现以下情况，该界面还会出现warning标示（红色）： （1）在比对序列中只有一个可能为父母代毒株的序列 （2）有可能(约30%或更大的可能)误认为重组序列(即实际上父母代的序列中的某个才是真正的重组毒株)如果是这样会在后面显示出实际上可能为重组毒株的父母代毒株的名字。 （3）无法识别出一个或全部两个突变位点。 （4）一个或两个突变位点是错位的。 （5）重组信号微弱 （6）如果复合信号可能是一个分析错误的人工制品。 第十一页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 “confirmation table”部分表明了用不同方法检测出发生该重组事件的毒株数和关于目前检测到的重组事件的符合程度 Confirmation table 下面是一个总结性的柱状图，对于99%的用户来说前三条柱状图代表的是有用的信息。柱状图下面的分数大于60%代表这该毒株几乎确定为重组毒株。大于40%小于60%的分数代表软件可能犯了错误，但也可能没有。小于40%表示该毒株很可能不是重组毒株。 第十二页，编辑于星期二：十三点 三十九分。 The schematic sequence display Current view Cycle through display options 改变视图颜色 Recombinant region 重组区