RNAi片段siRNA设计原则RNAi目标序列的选取原则应遵循以下几个.docx

RNAi RNAi 片段 siRNA 设计原则 RNAi 目标序列的选取原则应遵循以下几个方面的原则： 从转录本（mRNA）的AUG 起始密码开始，寻找“AA”二连序列， 并记下其 3端的 19 个碱基序列，作为潜在的 siRNA 靶位点。有研究结果显示GC 含量在 45%-55%左右的siRNA 要比那些GC 含量偏高的更为有效。Tuschl 等建议在设计 siRNA 时不要针对 5和 3端的非编码区（untranslated regions，UTRs），原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域，而这些UTR 结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响 siRNP 核酸内切酶复合物结合 mRNA 从而影响 siRNA 的效果。 将潜在的序列和相应的基因组数据库（人，或者小鼠，大鼠等等） 进行比较，排除那些和其他编码序列/EST 同源的序列。例如使用BLAST 选出合适的目标序列进行合成。通常一个基因需要设计多个靶序列的 siRNA，以找到最有效的 siRNA 序列。 一个目标基因至少设计 3-5 个以上的 siRNA，平行实验以期提高成功率。据评估，随机设计的siRNA 有 25%的机会有效沉默基因表达（减少 75%-95%以上的 mRNA），一半以上的几率能达到 50% 的沉默效果。 siRNA 的反义链3’端最好以UU结尾，这被公认是最有效的siRNA 结构。现在以其他碱基