yong-蛋白质组学10第十章数据处理资源.pptx

第十章 蛋白质组学数据处理资源主要机构主要蛋白质序列检索工具数据库从质谱数据鉴定多肽/蛋白质一、主要机构和资源 1. 美国国家生物技术信息中心National Center for Biotechnology Information，NCBI GenBank等公共数据库 工具： PubMed BLAST OMIM：孟德尔人类遗传 TaxBrowser：分类浏览器 StructureNCBI支持与推广多种医学及科技方面的数据库，包括：三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）孟德尔人类遗传（OMIM）特殊人类基因序列集（UniGene）人类基因组基因图（Gene Map of the human Genome）生物分类浏览器（Taxonomy Browser）癌症基因组解剖学项目（CGAP）NCBI HomePage2. 欧洲分子生物学实验室European Molecular Biology Laboratory，EMBL 1974年由几乎全部西欧国家及以色列等16国资助在德国海得堡建立的国际研究学院网络，致力于分子生物学研究，在德国、法国、意大利和英国设有5个分支机构。1980年建立了世界上第一个核酸序列数据库，即EMBL核酸序列数据库。EMBL HomePage3. 欧洲生物信息学研究所European Bioinformatics Institute，EBI 它是EMBL的一部分。1992年由欧盟资助建立在英国的一个非盈利性学术机构，也是生物信息学研究与服务的欧洲中心。开发多种生物学数据库，包括：核酸序列数据库（EMBL核酸序列数据库、Ensembl、ENEST、MitBase Server、EDGP、Parasites等）；蛋白质序列数据库（SWISS-PROT、TrEMBL、InterPro等）；基因组数据库；序列结构分类数据库（DSSP、HSSP、DALI等）；大分子结构数据库（EBI-MSD等）；人类蛋白质数据库（HPI等）；序列图谱数据库（RHdb Server、GenomeMaps98等）4. 蛋白质分析专家系统Expert Protein Analysis System，ExPASy 1994年由瑞士生物信息学院（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）创建的世界上第一个分子生物学网站，专门从事蛋白质序列、结构、功能和蛋白质2D图谱等的分析。通过该网站可以链接到国际上包括ENZYME、PROSITE、TrEMBL、SWISS-PROT、SWISS-2DPAGE、 SWISS-3DIMAGE等数据库的相关站点，以及SWISS-MODEL等软件工具。ExPASy HomePage5. 结构生物信息学研究联合实验室The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics，RCSB 主要通过对生物大分子三维结构的研究来探索生物系统的功能。提供有PDB生物大分子结构数据库（ ）和NDB核酸数据库（ ）等数据库，并提供其开发的结构分析工具、标准和教学服务信息等。6. 日本国立遗传学研究所National Institute of Genetics，NIG 是日本遗传学各方面研究的中心研究机构及生命科学所有领域的研究基地。NIG建立的日本DNA数据库（DDBJ）、欧洲EBI维护的EMBL核酸序列数据库，以及美国NCBI的GenBank数据库，并列为国际上最著名的三大DNA数据库。二、主要蛋白质序列检索工具Entrez EntrezNCBI提供的集成检索工具。整合了很多种序列 数据库DBGET 日本京都大学化学研究所提供的检索序列数据库 的工具UniProt sprot/EBI序列检索网页SRS 由EMBnet提供的主要数据库检索工具NCBI EntrezDBGETUniProtSRS三、序列对比和数据库搜索序列对比在生物信息学研究中，最常用和最经典的一个研究手段，就是通过比较分析获得有用的信息和知识。将研究对象进行相互比较来寻找研究对象可能具备的某些特性。从核酸及蛋白质的一级结构方面来分析序列的相同点和不同点，从而能够推测它们的结构、功能及进化上的联系。序列对比的理论基础是进化学说。如果两个基因和蛋白质序列之间具有足够的相似性，就推测两者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、缺失以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。相似性和同源性序列的相似性（similarity）：在序列对比中描述两条序列之间相同碱基或氨基酸残基所占比例。序列的同源性（homology）：从大量数据中推断出的两个基因在进化上具有共同祖先的结论。