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SPP1基因在肝细胞癌中的表达及与临床预后
目录
TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1
正文 1
文1:SPP1基因在肝细胞癌中的表达及与临床预后 1
1 材料与方法 3
2 结果 5
3 讨论 7
文2:PTEN基因在原发性肝细胞癌中的表达 8
1 材料与方法 9
2 结 果 10
3 讨 论 11
参考文摘引言: 12
原创性声明(模板) 14
文章致谢(模板) 14
正文
SPP1基因在肝细胞癌中的表达及与临床预后
文1:SPP1基因在肝细胞癌中的表达及与临床预后
Bioinformatics analysis of the expression and mechanisms of SPP1 gene in hepatocellular carcinoma
CHENG DuXIE PengCAO Jiwang
Gastroenterology,Renmin Hospital of Wuhan Univeity Hubei Key Laboratory of Digestive Diseases
Abstract:Objective: To analyze the expression of SPP1 mRNA and the relatiohip between SPP1 expression and prognosis in patients with hepatocellular carcinoma(HCC). To predict the mechanisms underlying abnormal expression of SPP1 in : The expression of SPP1 mRNA and the relatiohip between SPP1 expression and prognosis in patients with HCC were evaluated by using GEPIA database. SPP1 gene mutatio, promoter methylation levels, miRNAs binding to 3-UTR of SPP1, post-tralational modification of protei were predicted by using cBioPortal, MethHC,GCBI and StarBase, and NetPhos 3. 1 : SPP1 mRNA was elevated in HCC. The overall prognosis of patients with high SPP1 expression was poor(log-rank P=0. 000 11). Gene amplification and deep deletion occurred in the genome of SPP1 in HCC. The promoter region of SPP1 was hypo-methylated(P
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是一种全球范围最常见的、高死亡率的恶性肿瘤。甲胎蛋白(AFP)是诊断HCC的重要指标,但30%~40%的HCC患者AFP阴性[1]。肝细胞癌的组织病理学诊断困难,尤其是针对早期肝癌,因此寻求更加敏感和简便的血清肝癌标志物已成为重要目标。
分泌型磷酸蛋白1(secreted phosphor﹑rotein?,SPP1)又名骨桥蛋白(osteopontin,OPN),由位于人类染色体上的SPPl基因编码产生[2]。近年研究表明SPP1是一种与肿瘤密切相关的细胞外基质蛋白,在许多肿瘤中呈高水平表达,并与肿瘤的侵袭转移、凋亡抑制和血管生成等有关。最近报道基于4┗?蛄?夏P投訦CC诊断初筛和预后评估,其中SPP1是4┗?蚰P停↘PNA2,CDC20,SPP1,TOP2A)和(CENPA,SPP1,MAGEB6,HOXD9)中唯一共同基因[3,4]。研究报道肝癌患者血清中SPP1水平明显升高,并与肿瘤的临床分期有关。因此,血清SPP1有望成为诊断肝癌的血清学标志物之一。
本文使用生物信息学分析方法,通过利用现有的各种肿瘤数据库,分析SPP1基因在肝细胞癌中的表达及与临床预后的意义,并创新性使用数据库深度挖掘SPP1在肝癌中异常表达的机制。
1 材料与方法
GEPIA数据库分析SPP1在肝细胞癌中的表达
在GEPIA 2数据库中(http:﹑#index),设置筛选条件如下:(1)“Expres﹕ion Analysis:Expression DIY”;(2
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