- 1、本文档共10页,可阅读全部内容。
- 2、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。
- 3、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载。
- 4、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
- 5、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
- 6、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们。
- 7、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
- 8、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
水 各种模型的调研
S 王加军
研究和发展模拟生物大 体系的 力场方法, 一直是理论
与计算化学领域的重要研究内容。水 在生物体系中无处不在, 对
生物 结构和功能都起着 的作用, 所以高质量的水
力场是模拟生物 环境的基础。目前, 应用于生物体系模拟的水分
子力场模型包括SPC 和TIPnP 系列,以及在此基础上的改进版。这
些方法的应用为我们提供了非常重要的 和丰富的动力学和热力
学信息, 使我们对各种水溶液体系的性质有了比较深入的了解。
本文调研了水 力场模型的发展历程,介绍了简单力场模型、
极化电荷模型和非刚体水 模型。
一、简单的水 模型
常见的简单水 模型从早期的 ST2 和 ST4 模型逐渐发展到简
单点电荷力场(Simple Point Charge ,SPC),以及可转移的 间势能
函(Transferable Interrnolecular Potential ,TIPnP) ,这些模型都是利用
刚体水 结构,即固定的键长和键角。水 间的势能面利用van
der Waals 相互作用,以及三点、四点或五点间的静电相互作用来描
述。通常使用的三点、四点和五点的简单水 力场模型画在图 1 中,
相应的力场参数列在表1 中。
图1 各种水 模型的几何结构
表1 各种水 力场的几何结构和力场参数的比较
Berendsen 等提出的SPC 模型、Jorgensen 等提出的TIP3P 模型以
及改进的 SPC/E 模型都是利用三点计算静电相互作用,其中氢原子
上带有部分正电荷,与其相平衡的氧原子上带有部分的负电荷。不同
水 间的vdw 相互作用通过Lennard-Jones 势函数计算,但是只考
虑了不同水 中氧原子之间的相互作用,没有考虑氢原子之间以及
氧原予和氢原子之间的vdw 相互作用。TIP3P、SPC 和SPC/E 模型在
水 的几何构型、部分电荷和 vdw 参数上都略有不同。最早的四
点模型是由Bemal 和Fowler 在1933 年提出的,简称BF 模型。虽然
该模型目前已经很少使用,但由于其奠定了水 模型的发展基础,
因而还很重要。最常使用的四点水 力场是由 Jorgensen 提出的
TIP4P 模型,该模型把负电荷从氧原子移到沿氢原子方向的角 HOH
的平分线上( 图 1),氧原子上没有电荷分布。五点模型最早是由
Stillinger 和Rahaman 在1974 年提出的ST2 模型,其主要特点是考虑
了水 的四面体结构,氢原子上带有部分正电荷,负电荷放在氧原
子的两个孤对电子上,而且利用开关函数调整静电相互作用。最近
Jorgensen 等人又提出了 TIP5P 模型,虽然它的几何结构类似于 ST2
模型( 图1),但是氢原子和氧原子孤对电子上的部分电荷以及vdw 参
数都存在一定的差异(详见表 1)。下面简单地介绍这些水 力场模
型的势能表达形式。
早期水 ST2 和 ST4 模型描述的势能面包括水 间的 Val
der Waals
文档评论(0)