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- 2022-05-31 发布于黑龙江
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第二章
生物数据库及其检索
(蛋白质数据库)
蛋白质数据库:
一级蛋白质数据库:通过实验方法直接获得的
基础数据。分为蛋白质序列数据库和蛋白质结构数
据库。
二级蛋白质数据库:在一级数据库的基础上分
析加工出来的。
1 一级蛋 白质序列数据库
三大蛋白质序列数据库:
Swiss-Prot :Swiss-Prot 是一个人工注释的蛋白质序列
数据库。注释可信度高,冗余度小。由EBI 与SIB 共同管理。
TrEMBL: 通过计算机,把核酸序列数据库里能编码蛋
白的核酸序列都翻译成了蛋白质序列并列存入其中。可信度
低而冗余度大。TrEMBL也是由EBI 和SIB 共同管理。
PIR:是蛋白质信息资源数据库,是一个支持基因组学,
蛋白质组学和系统生物学研究的综合公共生物信息学资源。
设在美国Georgetown 大学医学中心。
这三个数据库共同构成UniProt数据库。
UniProt 数据库有三个层次:
第一层 UniParc:收录了所有UniProt 数据库子库
中的蛋白质序列,量大,粗糙。
第二层 UniRef :他归纳了UniProt 几个主要数据
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