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基因组、转录组和蛋白质组Genomes, Transcriptomes and Proteomes结构基因组学、功能基因组学、比较基因组学
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概念
基因组
是指一个单倍体细胞中遗传物质得总量。染色体或基因
转录组
一个细胞全部的mRNA 含量,是一个细胞在某一阶段必须的生物信息,这些RNA分子会指导合成基因组表达的最终产物,蛋白质组。
蛋白质组
一个细胞合成的功能蛋白质的总和。
蛋白质组学
是人类基因组计划研究发展的基础上形成的交叉学科,主要是从整体水平研究细胞内蛋白质的组成,结构及其自身特有的活动规律
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蛋白质组研究的意义
基因虽是遗传信息的源头,而功能性蛋白是基因功能的执行体
蛋白质本身的存在形式和活动规律,如翻译后修饰、蛋白质间相互作用以及蛋白质结构等问题,必须要依赖于对蛋白质组学的研究来解决。
任何一种疾病在表现出可察觉的症状之前,就已经有一些蛋白质发生了变化。因此寻找各种疾病的关键蛋白和标志蛋白,对于疾病的诊断、病理的研究和药物的筛选都具有重要意义。
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肿瘤组织与正常组织之间蛋白质谱差异,找到肿瘤特异性的蛋白分子,可能会对揭示肿瘤发生的机制有帮助,目前已应用于肝癌、膀胱癌、前列腺癌等研究中。
开发新蛋白质、获得新基因
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Figure 3.1. The genome, transcriptome and proteome.
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基因组的表达不仅仅是一个遗传信息由DNA-RNA-蛋白质的一个过程,这个法则忽略了信息流由基因组到蛋白质组传递过程是被调控的,这个过程每一步都是受到调控,从而使得转录组和蛋白组的成分能够做出迅速和准确的改变,并能使细胞调整自己的生化状态能对外界的刺激做出反应,
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转 录 组 Transcriptomes
转录组是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。
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蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述,而由于目前蛋白质实验技术的限制,转录组成为研究基因表达的主要手段。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。
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编码和非编码RNA
细胞的RNA含量可以分为两类
编码RNA
非编码RNA
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编码和非编码RNA
编码RNA
mRNA
4%
寿命短
细菌的mRNA半衰期几分钟,
真核细胞大部分mRNA的半衰期也只有几小时
转录组的成分不是固定的,可以通过快速的改变mRNA的合成来改变
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编码和非编码RNA
非编码RNA
rRNA
tRNA
真核生物特有的RNA
小核RNA(Small nuclear RNA) (snRNA; 也叫 U-RNA )参与前体mRNA的剪接
小核仁RNA(Small nucleolar RNA) (snoRNA),参与rRNA前体的加工以及 核糖体亚基的装配。
小胞质RNA(scRNA), 包括几种,有些功能已知,有些功能还未知
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小核RNA( snRNA,核内小RNA)
存在于真核细胞的细胞核内,
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