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Submitting data to GEO----芯片数据上传指导 /geo/ GEO上传指南主题知识讲座 第1页 GEO array deposit options and formats----数据上传4种方式 Option Format Key points Web form deposit web forms Interactive web forms - use only if you have a very small number of Samples to submit. GEOarchive spreadsheets (e.g., Excel) Recommended method for most submissions.Quickly describe your study using Excel spreadsheet templates. SOFT plain text Good option if your data and metadata are already in a database, and you can generate and export data in SOFT plain text format. MINiML XML Good option if your data and metadata are already in a database, and you can generate and export data in MINiML XML format. GEO上传指南主题知识讲座 第2页 GEOarchive submission 上传所需内容 Metadata spreadsheet 试验设计和各个样本描述信息,以及各步骤protocols内容等 Matrix table 标准化,探针合并,弱信号过滤后用于差异分析数据文件 Raw data files 扫描仪读取未编辑原始文件,如GenePixPro.gpr文件, AgilentFE .txt文件等 Platform 芯片平台描述,探针注释等信息 GEO上传指南主题知识讲座 第3页 GEOarchive submission 上传步骤说明 1. Create a GEO account, log in GEO and click “New Submission”, start to submit your data file. GEO上传指南主题知识讲座 第4页 GEOarchive submission 上传步骤说明 2. Select “GEOarchive” and click “Submit”. GEO上传指南主题知识讲座 第5页 Select This format 3. Select “GEOarchive” format, upload your data (tar all files in one archive) and click “Submit”. GEO上传指南主题知识讲座 第6页 GEO上传数据验证流程 Series GSE9612 Samples GSM23612 Platform GPL4123 数据上传成功后，会为数据暂时分配一个序列号，数据不会公开 GEO curator 开始处理递交数据 Contact you 解释并修正数据中他们认为有问题地方 5个工作日 GEO 官方发email确认试验数据序列号(GSExxxx)以及数据公布日期 NOTE:在收到GEO官方序列号确认email前，你不能在文件中引用GSE序列号。 GEO上传指南主题知识讲座 第7页