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肠道菌群研究方案设计汇总 研究菌群与疾病，从整体上看，无外乎三种模式：关联关系探究、因果关系探究和应用 菌群干预疾病的研究。其实这三点即独立也相互关联。 关联 因果 干预 一、疾病与菌群关联关系类研究 ①特征菌群类研究 此类研究目的主要是客观地描述人体菌群组成的特征，解释某种疾病或现象与其共生菌 群的关系。 研究思路： 研究 如：研究长寿人 样本 严格明确研究 研究 16S rRNA或 群家族肠道菌群 目的 特征 收集 对象范围 方法 宏基因组测序 此类研究方法相对比较简单，设立疾病组和健康组，通过大样本量对比研究，确定特定 人群的特征微生物组成。目前此类文章已经发表了很多很多，几乎各种疾病与肠道菌群的关 系都有涉及，如今想发高分文章，选题角度一定要新颖，而且一般需要的样本量较大，最好 能再结合代谢组学等其他组学做多组学关联分析，在找到差异菌群的同时，对差异的代谢通 路进行关联分析，这样文章相对比较容易上档次。 ②菌群影响因素类研究 影响肠道菌群的因素有很多：遗传、生活方式、饮食习惯、运动、生活环境等都是影响 肠道菌群平衡的重要原因。 例如：对新生婴儿菌群组成影响因素的研究，比如分娩方式、孕期饮食、喂养方式（母 乳、提前添加辅食、配方奶粉）、早产儿等，研究对婴儿肠道菌群影响的因素，对后续指导 和维护婴儿健康有重要的作用。 二、疾病与菌群因果关系类研究 ①细菌功能验证及疾病机理研究 潜在致病菌或有益菌的功能验证及疾病机理研究思路： 1.确定一种或几种目标菌，利用动物实验对该菌进行验证，通过分析临床理化指标，探讨该 菌与疾病的关系。 2.收集处理后动物模型粪便样本，测序，探讨该菌如何影响肠道菌群致病或改善疾病； 3.结合临床指标、理化结果、微生物结果，综合分析作用机制。 ②疾病的发生发展与菌群相关性研究 研究思路： 1.研究疾病是否与微生物有关联 •设计健康组和疾病组，通过比较健康组和疾病组的微生物组成，找出疾病与健康状态下差异的微生 物，结合临床指标，确定与疾病显著相关的微生物 2.研究疾病与微生物之间的因果关系 •研究是疾病的发生导致菌群失调，还是菌群失调促进了疾病的发展。 •通过比较不同疾病进程目标样本中微生物的组成，研究随着疾病的发展，微生物的变化趋势，找出 随疾病进程变化一致的驱动菌，继而确定微生物对疾病是否有促进作用 3.验证是否仅改变菌群就可以促进疾病的发生发展 •将患者和健康人的粪便菌群移植到无菌小鼠中，结合临床理化指标，观察患者菌群是否能促进小鼠 疾病的发生和发展，研究小鼠菌群的改变以及菌群对其疾病的作用 4.研究菌群对疾病发生发展的促进作用是多个菌共同作用的结果， 还是有关键菌在起主导作用 •利用细胞实验和小鼠模型进行验证，研究关键菌在疾病发生发展中的作用和机制 5.研究关键菌在临床应用的意义 •通过生信和统计方法构建疾病预测模型，研究微生物和传统疾病诊断方法对疾病的诊断效果，筛选 出灵敏度和特异度都较好的诊断模型，确定最佳诊断疾病的单菌或混合菌标记物 三、菌群干预类研究 肠道菌群研究常用的干预手段： 常规药物 中草药干 益生菌干 粪菌移植 治疗 预 预 研究思路： 1.研究治疗手段（不同药物干预、同药物不同剂量干预、干预不同天数、益生菌、粪菌移植 等）对疾病的治疗效果（临床指标、理化指标等）。基于临床指标判断治疗效果。 2.比较疾病组、疾病干预组、及健康对照组微生物组成的差异 3.验证治疗手段是否是通过改变菌群后治疗效果 至于具体的研究方法，其实现在研究肠道菌群的方法无外乎16S rRNA测序/宏基因组 学测序+代谢组学，可以说这是目前最流行的做法了。代谢组学相对更接近表型，基因测序 与代谢组学的结合，能够更全面的阐述