核苷酸数据库.pptxVIP

你选择的基因是___。 为什么选它？ 请查找该基因的核苷酸序列？ 找到几条与该基因同源的核苷酸序列。 ; 生物信息学数据库;内容提纲;数据库（Database）; （1）时间性 新的数据可以及时在互联网获取 （2）注释 对每个序列有一致的、详细的说明信息 （3）支撑数据 相关的研究背景，原始数据，文献支持 （4）数据质量 数据库管理者对数据质量进行核查 （5）集成性 三种基本数据（核酸、蛋白、蛋白结构）的集成。 有效提高研究者的研究效率;分子生物数据库的分类;生物信息 学数据库 工具 ;序列数据库;;世界三大核酸序列数据库;国际核苷酸数据库网络（International Nucleotide Sequence Database Collaboration，INSDC）;美国国立卫生研究院(National Institutes of Health, NIH);美国国家生物技术信息中心 (National Center for Biotechnology Information，NCBI) ;NCBI数据库; 1979年开始建设，1982年正式运行 美国国家生物信息中心负责维护 GenBank数据库的数据来源有三种： 直接来源于测序工作者提交的序列 与其它数据机构协作交换的数据 美国专利局提供的专利数据;;第17页/共116页;GenBank分类码与GenBank子库;; 1980年开始建设，1982年正式运行 欧洲主要的核酸序列收集单位 欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory, EMBL,1974，德国海德堡)的欧洲生物信息研究所（European Bioinformatics Institute）负责维护 ;;ENA, European Nucleotide Archive ;ENA数据统计;ENA数据统计;第25页/共116页;日本1984年开始建立，并于1987年正式服务。 亚洲唯一的核酸序列数据库 生物信息学中心和日本国家遗传研究所的DNA数据库共同组建。 ;第27页/共116页;生物信息的存贮格式;GTAAGACTAAGATATCATGATGGATCCTGTGTCTGTTGTACATAGCTTTGCTAGGAGTCAGGGCCTGCCACTTAACTTCAAAACTGTGGGTTGTGAGGGTCCAAGTCACGACCCACGATTCGTAATTGAATGTAAACTTCTTGAT MVHLPEEKDAVTALWGKVNVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSD;FASTA格式;FASTA格式规则;IUPAC碱基代码表 ;IUPAC氨基酸代码表 ;FASTA文件格式示例;FASTA格式示例;FASTA格式示例;数据库中FASTA格式序列命名; GenoInfo Identifier 的简写，指的序列标识号。 序列的任何改变都会被分配一个新的GI号； 一条核苷酸序列翻译成蛋??质序列，也会分配一个新的GI号 ;第39页/共116页;GBFF ：GenBank flatfile;GBFF的格式;LOCUS SCU49845 5028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds; and Axl2p (AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete cds. ACCESSION U49845 VERSION U49845.1 GI:1293613 KEYWORDS . SOURCE Saccharomyces cerevisiae (bakers yeast) ORGANISM Saccharomyces cerevisiae Eukaryota; Fungi; Ascomycota; Saccharomycotina; Saccharomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces. REFERENCE 1 (bases 1 to 5028) AUTHORS Torpey,L.E.,