PAML一般使用操作.pdfVIP

PAML 软件的一些简单的具体的使用操作 1. 首先用Clustal X 进行序列比对：要保证：保证核苷酸序列是三的倍数，没有终止密码子， 核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。假设序列名为cox1.fas 2. 使用DAMBE 软件进行转换成PML 格式。软件使用截图：打开要换换的文件，然后“file” “save and convert sequence format” ，在保存类型中选择“Yang’s PAML” 。那么此时的序列名 为“cox1.PML” 3 这样就可以得到文件“*.PML”，然后就直接把后缀改成“*.nuc” 。那么此时的序列名为 “cox1.nuc