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真核微生物包含原生生物, 小型后生生物和单细胞真菌等所有自养和异养类型[1-3]。海洋底栖真核微生物是食物网中的重要一环, 在物质循环和能量流动中发挥重要作用, 并维持着海洋生态系统的稳定[4-6]。纤毛虫作为海洋底栖真核微生物中重要一员, 作用广泛, 例如作为指示物种和遗传发育研究的模式生物[7], 以及稳定微食物网[8]等功能。研究海洋底栖纤毛虫多样性有利于深入了解生物地球化学循环过程[4-6,?8], 对认知海洋生态系统具有重要意义。
近年来, 环境DNA(eDNA)[9-11]和高通量测序技术的快速发展[12], 为研究纤毛虫等微型生物的分子多样性提供新的思路与方法。eDNA是指从环境
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