lammps软件安装指南-用户版ustc.pdfVIP

1 软件介绍 LAMMPS 即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator ，可以翻译为大规模原子分子并 行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域， LAMMPS 代码也都涉及到了。 2 安装环境 lammps 版本：lammps-16Mar18 操作系统：Ubuntu 16.04 编译器：GCC cuda: 9.0 mpi: openmpi-3.0-gnu 3 安装步骤 3.1 CUDA 到/cuda-downloads 下载对应操作系统的cuda 安装包。下载后执行: chmod +x cuda_9.0.176_384.81_linux.run #使之具有可执行权限 sudo sh cuda_9.0.176_384.81_linux.run 然后按照相关的提示输入安装路径即可，本文选择默认路径。详细安装步骤可以参考 CUDA 9 安 装手册。 环境变量： cat /etc/profile.d/cuda-env.sh export PATH=/usr/local/cuda-9.0/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH export C_INCLUDE_PATH=/usr/local/cuda-9.0/include:$C_INCLUDE_PATH 3.2 MPI 目前 lammps 在 gpu 环境下选择 openmpi-3.0-gnu 可以安装成功。下载链接：https://www.open- /software/ompi/v3.0/ 1 3.2.1 OpenMPI 简介 OpenMPI 是一个免费的、开源的MPI 实现，兼容MPI-1 和MPI-2 标准。OpenMPI 由开源社区开发 维护，并具有很高的性能。 OpenMPI 目前最新版本为openmpi-3.0.0 ，官方网站：/ ，可从官网免费下载 Openmpi 源码安装包。 CUDA-aware MPI ：支持CUDA-aware 意味着MPI 库可以直接接收和发送GPU 显存数据，以下版 本及之后的版本都支持。 * MVAPICH2 1.8/1.9b * OpenMPI 1.7 * CRAY MPI (MPT 5.6.2) * IBM Platform MPI (8.3) * SGI MPI (1.08) 3.2.2 安装 OpenMPI 以OpenMPI 3.0.0 为例： $ tar zxvf openmpi-3.0.0.tar.gz $ cd openmpi-3.0.0 $ ./configure --prefix=/public/software/mpi/openmpi-3.0.0 --enable-mpirun- prefix-by-default --without-psm CC=gcc CXX=g++ FC=gfortran F77=gfortran - -with -cuda=/usr/local/cuda-9.0 $ make -j 8 #8 个进程并行编译 $ make install 设置环境变量脚本： vim /public/software/profile.d/openmpi-3.0.0-env.sh export MPI_HOME=/public/software/mpi/openmpi-3.0.0 export PATH=${MPI_HOME}/bin:${PATH} export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH} export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:${MANPATH} ➢ Tips 1. OpenMPI 安装会自动检测编译节点本地可用的通信网络设备，如需支持 InfiniBand 网络，请确 保编译MPI 前该节点已安装OFED 驱动。 2. 执行OpenMP