mega操作过程-多序列比对、进化树、-课件.ppt

基础生物信息学及应用;多序列比对分子进化分析——系统发生树构建核酸序列的预测与鉴定酶切图谱制作引物设计;多序列比对;;第一节、多序列比对（Multiple sequence alignment）;1、概念;;2、多序列比对的意义;手工比对 在运行经过测试并具有比较高的可信度的计算机程序（辅助编辑软件如bioedit，seaview，Genedoc等）基础上，结合实验结果或文献资料，对多序列比对结果进行手工修饰，应该说是非常必要的。 为了便于进行交互式手工比对，通常使用不同颜色表示具有不同特性的残基，以帮助判别序列之间的相似性。 计算机程序自动比对 通过特定的算法（如穷举法，启发式算法等），由计算机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。 ;穷举法;启发式算法;第二节 多序列比对程序及应用;1、Progressive Alignment Method;ClustalW 程序：ClustalW 程序可以自由使用 在NCBI/EBI的FTP服务器上可以找到下载的软件包。ClustalW 程序用选项单逐步指导用户进行操作，用户可根据需要选择打分矩阵、设置空位罚分等。 /pub/software/ EBI的主页还提供了基于Web的ClustalW服务，用户可以把序列和各种要求通过表单提交到服务器上，服务器把计算的结果用Email返回用户（或在线交互使用）。 http:///;ClustalW 程序 ClustalW对输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和GDE等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 用ClustalW得到的多序列比对结果中，所有序列排列在一起，并以特定的符号代表各个位点上残基的保守性，“*”号表示保守性极高的残基位点；“.”号代表保守性略低的残基位点。;Clustal W 使用 输入地址： 设置选项 （next） ;Clustal W 使用 一些选项说明 PHYLOGENETIC TREE有三个选项 TREE TYPE：构建系统发育树的算法，有四个个选择none、nj（neighbour joining）、phylip、dist CORRECT DIST：决定是否做距离修正。对于小的序列歧异（＜10％），选择与否不会产生差异；对于大的序列歧异，需做出修正。因为观察到的距离要比真实的进化距离低。 IGNORE GAPS：选择on，序列中的任何空位将被忽视。 详细说明参见 http://;Clustal W 使用 输入5个16S RNA 基因序列 AF310602 AF308147 AF283499 AF012090 AF447394 点击“RUN”;Progressive Alignment Method;Progressive Alignment Method;Progressive Alignment Method;2、Iterative Alignment;Block-Based Alignment;Block-Based Alignment;DNASTAR DNAMAN;分子进化分析——系统发生树构建;;第一节 分子进化分析介绍;分子进化研究的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 蛋白和核酸序列 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;分子进化分析介绍;Rooted by outgroup;分子进化分析介绍;第二节 系统发生树构建方法;;第三节 系统发生树构建实例;系统发生树构建实例;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;核酸序列的预测和鉴定;内容： 序列概率信息的统计模型 核酸序列的预测与鉴定;第一节、序列概率信息的统计模型;收集已知的功能序列和非功能序列实例 （这些序列之间是非相关的 ）;多序列比对;Hidden Markov Model;Hidden Markov Model;第二节 核酸序列的预测与鉴定;1、核酸序列预测概念;;;第二节 核酸序列的预测与鉴定;基因预测的概念及意义 原核基因识别 真核基因预测的困难性 真核基因预测的依据 真核基因预测的基本步骤及策略 真核基因预测方法及其基本原理;概念： Gene Prediction： Given an uncharacterized DNA sequence, find out: Where does the gene starts and ends? －detection of the locati