结构解析分析和总结.docx

结构解析： 在 DOS 下： 1、用 DIR、CD 打开原始结构数据所在的文件夹： 双击命令提示符后将出现如下命令： C:\Documents and Settings\Adinistrator E: (输入数据所在的硬盘) E:\CD (目标文件夹) (用 CD 命令打开目标文件夹) E:\......DIR (DIR 命令打开该文件夹确认有无.dat 文件、.hkl 文件和.inf 文件。因这三文件为解结构的基本文件，包含了该结构的所有晶体学数据。) 2、有了数据后从该步开始将进行结构的解析： E:\…...XPREP （在目标盘下输入XPREP 命令） 输入后将出现标题为 XPREP 的窗口，然后在该窗口中按提示依次进行输入： Input file name ….: shelxl.hkl (输入 hkl 文件的文件名)，按回 Enter cell……………………….：………….. 车出现： (该步是要求输入晶胞参数，可打开.inf 文件，找到第一个词“cell”的一行，将有 a,b,c, 六个参数，依次输入数字即可，然后回车，在回车的时候会有一些“select”，这是程序根据六个参数对晶系、空间群的选择，一般系统会按照对其进行判断选择一些较为合理的参数， 在解结构的初期一般不要去修改，等在解结构的过程中有疑问再做适当的改动)； 在一系列回车后会出现如下一行： Enter element………………………….：……………. (这是要求输入该结构中可能存在的元素，一般把实验中用到的元素输进去，如 CHONCu， 该输入不空格也没有先后顺序)输入完后仍然按回车； 最后还要求输入输出的文件名： Output file ………………………: tref (输入输出文件的文件名) Do you………………………………..? Y （是否需要保存） 按回车后退出 xprep，此时将返回 DOS 下运行。 通过该过程产生了两个名为 tref 的.ins 文件和.hkl 文件，这两个文件为系统能够进行处理的文件。 3、得到.ins 文件和.hkl 文件后，此时就可以对数据进行处理。在 DOS 下运行： E:\...........XS tref (该步骤是程序根据最小二乘法对所得的数据进行模型化处理) 计算完毕后，输入： E:\. XP 4、Xp 下运行： Read tref Fmol Proj Pick File shx97.ins Enter tref Quit 然后再回到 DOS 下： E:\. COPY tref.hkl shx97.hkl E:\. xl shx97 E:\................Edit shx97.res 计算后再进入 XP 中进行修改，此时： Reap shx97 (运用该命令将查看所得图形并对其修改) (确认可能存在的Q 值并进行命名) (保存刚才所做的修改，并另存为shx97.ins) (系统要求输入原始文件名) （对.ins 文件进行处理） （计算后的所得结果将以.res 的文件输入，即结果文件；注意：若对.res 文件进行了修改并想让该修改有效的话需将其另存为 .ins 文件，因 xl 精修命令质对.ins 文件进行处理，而.res 文件只是处理的结果文件） (读取的是修改文件 shx97，此时 包含了计算后说产生的 Q 值；如果不想读取 Q 值只需 read shx97, 这样只读取命名了的元素) Fmol Proj Pick File shx97.ins Enter………………………..： （此时只需回车就可以了，因读取 的文件为 shx97,所以不用输入） Quit 然后再回到 DOS 下又计算， E:\. XL SHX97 E:\. XP 这样不断的重复操作直到将最大 Q 值尽可能的降到 1 左右，R1 值接近于 0.03，S 值接近于 1，这样结构已基本解完。 对于重原子，应该在其下面加一行 ANIS 修改文件中间保存的 ins 加入 HTAB Bond $H Wght 0.2 Exti 0.0005