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结构解析:
在 DOS 下:
1、用 DIR、CD 打开原始结构数据所在的文件夹: 双击命令提示符后将出现如下命令:
C:\Documents and Settings\Adinistrator E: (输入数据所在的硬盘) E:\CD (目标文件夹) (用 CD 命令打开目标文件夹)
E:\......DIR (DIR 命令打开该文件夹确认有无.dat 文件、.hkl 文件和.inf 文件。因这三文件为解结构的基本文件,包含了该结构的所有晶体学数据。)
2、有了数据后从该步开始将进行结构的解析:
E:\…...XPREP (在目标盘下输入XPREP 命令) 输入后将出现标题为 XPREP 的窗口,然后在该窗口中按提示依次进行输入:
Input file name ….: shelxl.hkl (输入 hkl 文件的文件名),按回
Enter cell……………………….:…………..
车出现:
(该步是要求输入晶胞参数,可打开.inf 文件,找到第一个词“cell”的一行,将有 a,b,c,
六个参数,依次输入数字即可,然后回车,在回车的时候会有一些“select”,这是程序根据六个参数对晶系、空间群的选择,一般系统会按照对其进行判断选择一些较为合理的参数, 在解结构的初期一般不要去修改,等在解结构的过程中有疑问再做适当的改动);
在一系列回车后会出现如下一行:
Enter element………………………….:…………….
(这是要求输入该结构中可能存在的元素,一般把实验中用到的元素输进去,如 CHONCu, 该输入不空格也没有先后顺序)输入完后仍然按回车;
最后还要求输入输出的文件名:
Output file ………………………: tref (输入输出文件的文件名)
Do you………………………………..? Y (是否需要保存) 按回车后退出 xprep,此时将返回 DOS 下运行。
通过该过程产生了两个名为 tref 的.ins 文件和.hkl 文件,这两个文件为系统能够进行处理的文件。
3、得到.ins 文件和.hkl 文件后,此时就可以对数据进行处理。在 DOS 下运行:
E:\...........XS tref (该步骤是程序根据最小二乘法对所得的数据进行模型化处理)
计算完毕后,输入:
E:\. XP
4、Xp 下运行:
Read tref Fmol Proj Pick
File shx97.ins
Enter tref
Quit
然后再回到 DOS 下:
E:\. COPY tref.hkl shx97.hkl
E:\. xl shx97
E:\................Edit shx97.res
计算后再进入 XP 中进行修改,此时:
Reap shx97
(运用该命令将查看所得图形并对其修改)
(确认可能存在的Q 值并进行命名) (保存刚才所做的修改,并另存为shx97.ins)
(系统要求输入原始文件名)
(对.ins 文件进行处理)
(计算后的所得结果将以.res 的文件输入,即结果文件;注意:若对.res 文件进行了修改并想让该修改有效的话需将其另存为 .ins 文件,因 xl 精修命令质对.ins 文件进行处理,而.res 文件只是处理的结果文件)
(读取的是修改文件 shx97,此时
包含了计算后说产生的 Q 值;如果不想读取 Q 值只需 read shx97,
这样只读取命名了的元素)
Fmol Proj Pick
File shx97.ins
Enter………………………..: (此时只需回车就可以了,因读取
的文件为 shx97,所以不用输入)
Quit
然后再回到 DOS 下又计算,
E:\. XL SHX97
E:\. XP
这样不断的重复操作直到将最大 Q 值尽可能的降到 1 左右,R1 值接近于 0.03,S 值接近于
1,这样结构已基本解完。
对于重原子,应该在其下面加一行 ANIS
修改文件中间保存的 ins 加入
HTAB
Bond $H Wght 0.2
Exti 0.0005
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