化学蛋白质组学.pptxVIP

化学蛋白质组学;人类基因组计划的顺利实施，使生命科学研究的重心逐渐转移到对生物功能的整体研究上。对生物功能的主要体现者或执行者--蛋白质的表达模式和功能模式的研究必然成为生命科学发展的趋势。;在20世纪90年代中期，国际上萌发了一门研究细胞内各种蛋白质的组成及其活动规律的新兴学科--蛋白质组学(proteomics)。 蛋白质组(proteome)这一概念是1995年由澳大利亚学者最先提出来的，源于蛋白质（protein）与 基因组（genome）两个词的杂合，指的在一个特定的时间和空间内，一个基因组?一种细胞组织或一种生物体所表达的全部蛋白质。 对蛋白质组问题的研究称之为蛋白质组学(proteomics)，主要是在整体水平上研究细胞内蛋白质的组成及其活动规律。;而化学在这里再一次与生物学的最新发展融合，形成新的交叉研究领域-化学蛋白质组学(chemical proteomics)。化学蛋白质组学是一个目前??在不断扩展中的全新领域，学术界至今对其尚未有确切定义。一定程度上，化学蛋白质组学可以理解为“化学加蛋白质组学”。 具体地说，由于大多数蛋白质的功能直接依赖于小分子配体与靶蛋白的结合步骤，因此，利用能够与靶蛋白质特异作用的化学小分子来扰动和探测蛋白质组，有可能在蛋白质组的整体水平上，揭示感兴趣的特定蛋白质的功能以及它们与化学小分子的相互作用? 化学蛋白质组学利用化学小分子直接从功能角度切入蛋白质组的研究，有别于以往的主要以蛋白质定性定量鉴定为基础的蛋白质组学技术，因此，被认为是很有前途的新一代功能蛋白质组学技术(function-based proteomics)。;一，化学蛋白质组学的研究方法;化学蛋白质组学的主要任务在于，发展和应用具有生物活性的靶向探针，用于复杂的蛋白质组中的特异性酶或蛋白质家族的功能研究。小分子与细胞内靶蛋白质的相互作用，是很多蛋白质生物功能的基础。这种相互作用强弱不一，既可以是可逆的，也可以是不可逆的；可以是单靶点的，也可以是同时作用于多个靶蛋白的。 生物体(细胞?组织等)蛋白质组的所有蛋白质经化学小分子处理前后的差异蛋白质组展示(proteome profiling)，可以用来研究这种相互作用。对化学???科而言，通过功能蛋白质组学的研究服务于人类的健康，促进分子医学的发展，如寻找先导药物以及药物的靶分子是其重要的目标。;（一）蛋白质组学的基本技术流程;1，双向聚丙烯酰胺凝胶电泳 ;第9页/共50页;2，基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱技术;3，色谱与质谱联用技术 ;第12页/共50页;4，信息查询;常用几种软件进行分析。 PeptIdent是以肽质量指纹谱数据鉴定蛋白质的查询软件,是将数据库中的所有蛋白质用我们选定的酶进行“理论消化”形成肽片段,计算其理论肽段质量,建立索引,然后再与输入的实验数据进行对比,按实验数据匹配数的多少排列并输出匹配结果。蛋白质的等电点、分子量和种属可以详细限制候选蛋白,减少假阳性误差。 MS-Fit和Mascot软件利用了MOWSE得分法,特别考虑数据库中肽段分布频率的问题。Mascot软件还把MOWSE得分转换为绝对概率,减少结果的不确定性。 ;蛋白质组学相关网站;二、功能蛋白质组学技术;activity-based probes，ABPs;1，不可逆探针;（3）标记物 一般选用生物素、荧光物质和放射性物质作为化学探针的标记物，可快速鉴别和纯化探针所修饰的蛋白质。蛋白质凝胶电泳是最简单有效的蛋白质分离方法，因此用于标记探针的物质应兼容于SDS法。;第20页/共50页;第21页/共50页;第22页/共50页;第23页/共50页;第24页/共50页;目前,该方法已成功地分别用于针对丝氨酸蛋白酶，巯基蛋白酶，去泛蛋白化酶等靶酶的功能蛋白质组研究,并从中发现了一些化学小分子体内作用的疾病相关新靶点。;第26页/共50页;2，可逆探针;3，无标记探针;第29页/共50页;第30页/共50页;无标记探针分子的设计需要运用光亲和标记技术，引入光亲合标记基团(photoaffinity labeling group)，其作用是在探针分子与靶蛋白结合(可逆)后，通过光解作用在探针分子与靶蛋白之间引入共价键。通常这类探针分子包括活性部位(activity unit)、光亲合标记基团、连接部位及报告基团。;光亲和标记探针分子的光亲和基团有：苯基叠氮类 (phenyl azides)、trifluoro methylphenyl diazirine、二苯甲酮类(benzophenone)等。通常理想的光亲和基团应具备以下几个特征: (1) 具有一定的化学稳定性，能耐受普通的化学反应；(2) 在自然光中合理的稳定性；(3) 在黑暗中稳定，在不对生物样品造成损伤(300 nm)的紫外光照