黄瓜霜霉病抗病基因鉴定及其表达分析.docx

黄瓜霜霉病抗病基因鉴定及其表达分析 霜霉病（downy mildew）是一种影响黄瓜生长和产量的常见病害，属于真菌性病害。由于病菌生长速度快，难以控制，所以寻找抗病基因，对于黄瓜霜霉病的防治具有重要意义。本文对黄瓜抗霜霉病基因进行了鉴定和表达分析，为黄瓜病害的防治提供了新的思路。 一、材料与方法 1.材料 本实验所采用的黄瓜品种是农林28号和白玉，并分别从它们的菌圃中采集了正常和感染霜霉病的叶子样本。 2.方法 2.1构建文库 从黄瓜材料中提取总的RNA，通过Poly(A)选磁系统纯化mRNA，然后将mRNA反转录为cDNA。用Truseq? RNA Sample Preparation Kit建立了脱靶RNA-Seq文库。 2.2测序和数据处理 使用Illumina的HiSeq 2500平台进行无法修饰的3端测序。将得到的reads通过学习位点矫正、质量过滤和碱基计数等步骤进行数据处理。接着使用Cufflinks v2.0软件包对数据进行分析，比对到黄瓜的参考基因组上。以F-test为依据规定了一个p值≤0.05的标准，进行差异表达分析。 2.3减少定位和拓扑分析 在比对到基因组的过程中，紧接着利用DESeq V1.1.3以及Cuffdiff V2.0软件包进行归一化，并找到基因的表达水平的变化量。对每个差异表达基因，比较WT和不同条件的样本，计算log2倍数的FC（折叠变化），