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基于FASTQ基因大数据的批量分布式压缩方法.pdfVIP

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  • 2023-06-17 发布于四川
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基于FASTQ基因大数据的批量分布式压缩方法.pdf

    本发明公开了基于FASTQ基因大数据的批量分布式压缩方法，包括：S100部署Spark集群、Hadoop集群和Java环境：S200、选取同种群物种、同一条染色体的FASTA文件，作为所有输入的基因序列的参考序列；S300为读取到的碱基序列与标识符序列创建Spark任务，S500driver本地程序从HDFS拉取压缩后的碱基序列与标识符序列、质量分数序列数据到本地，使用bsc压缩组件作最后的压缩运算，以获取压缩结果。该方法主要针对于FASTQ格式文件，主要用于解决基因数据量过大，减小基因数据存储

    (19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 113268459 A (43)申请公布日 2021.08.17 (21)申请号 202110524169.7 G16B 30/00 (2019.01) (22)申请日 2

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